Najbardziej prestiżowa uczelnia kraju – Papieski Katolicki Uniwersytet Peru (PUCP) w Limie – kłóci się z miejscowymi hierarchami nie od dziś. Powody są różne, ale sedno sporu sprowadza się do tego, że uczelnia, na której studiuje 22 tys. młodych ludzi, uważa się za całkowicie autonomiczną, Kościół zaś twierdzi, że podlega ona Watykanowi. Tytuły „papieski" i „katolicki" do czegoś ją zobowiązują.
Władze uczelni twierdzą, że wprawdzie uniwersytet w Limie powstał w 1917 r. z inicjatywy księdza, ale zawsze był uczelnią świecką, a tytuł „papieski" ma charakter czysto honorowy – został mu nadany przez Watykan z okazji 25. rocznicy istnienia. Podnoszą też, że polityk i historyk José de la Riva-Agüero y Osma, który w 1944 r. podarował uczelni swój majątek, pragnął, by po 20 latach wspólnego nim zarządzania przez rektora i delegata arcybiskupstwa Limy cała władza przeszła w ręce uniwersytetu. Arcybiskupstwo Limy temu zaprzecza. Podkreśla, że PUCP zawsze był związany ze Stolicą Apostolską, a dobroczyńcy zależało na utrzymaniu kontroli Kościoła.
Do 1969 r. rektora mianował Watykan, później robiła to uczelnia, ale Stolica Apostolska zatwierdzała jej decyzje. Aż do 2004 r. Obecny rektor Marcial Rubio i jego poprzednik już nie otrzymali błogosławieństwa Kościoła i konflikt się pogłębił.
Według uczelni to wina obecnego arcybiskupa Limy, członka Opus Dei Juana Luisa Ciprianiego. Jednak już w latach 70. wybuchł spór o wykładowcę, który nie stracił pracy, mimo że się rozwiódł. Cytowany przez BBC doktor prawa kanonicznego z Limy ksiądz Luis Gaspar uważa, że problem polega właśnie na tym, że niektóre środowiska na PUCP głoszą hasła sprzeczne z nauką Kościoła, np. popierają aborcję i związki gejów. „Dla niektórych środowisk Kościoła nie jesteśmy wystarczająco katoliccy" – przyznaje wicerektor Pepi Patrón Costa.
