Stając przed Trybunałem ONZ ds. Zbrodni w byłej Jugosławii, 67-letni Karadžić nie tylko nie uznał oskarżeń o inspirowanie czystek etnicznych i masowych zbrodni popełnianych na muzułmańskich Bośniakach i Chorwatach, ale wręcz domagał się, by uznać jego zasługi dla ograniczania strat ludności cywilnej i ogłaszania licznych rozejmów. Odrzucił też szacunki dotyczące liczby ofiar wojny na Bałkanach (ok. 250 tys.), twierdząc, że w istocie zginęło wówczas czterokrotnie mniej ludzi.
Karadžić został aresztowany w 2008 r. w Belgradzie. Trafił do aresztu w Hadze, gdzie jego proces rozpoczął się w październiku 2009 r. Prokuratorzy postawili mu dziesięć zarzutów. Najpoważniejsze jest oskarżenie o sprowokowanie i nadzór (wraz z gen. Mladiciem) rzezi 8 tys. Muzułmanów w Srebrenicy.
Karadžiciowi na obronę przyznano około 300 godzin, podczas których ma on zamiar powołać 300 świadków obrony (wśród nich ma być prezydent Grecji Karolos Papoulias). Krewni ofiar obawiają się, że podobnie jak swego czasu Slobodan Milošević, także Karadžić wykorzysta obronę do celów propagandowych.
