O tym, że ewakuacja będzie konieczna zadecydowano już w niedzielę wieczorem, jednak akcje rozpoczęto dopiero w poniedziałek, gdy wody Wełtawy na brzegu której leży Zoo zaczęły już wlewać się na jego teren. Pracownicy ogrodu przez całą poprzednią noc nie opuszczali zaniepokojonych zwierząt, starając się je uspokajać.
Ewakuacja okazała się trudnym zabiegiem, ponieważ przerażone zwierzęta najczęściej nie miały zamiaru opuszczać swoich klatek. Niektóre, jak np. goryle dały się przekonać i zwabione jakimś smakołykiem weszły do mniejszych klatek, które przewieziono w bezpieczniejsze miejsce. Inne – jak np. lamy – trzeba było po prostu schwytać, co czasami wymagało siły kilku osób. Jak mówią opiekunowie największy kłopot jest zawsze ze zwierzętami małymi i ruchliwymi, które bardzo skutecznie potrafią bronić się przed złapaniem. Z powodu utrudnionego transportu na miejscu pozostawiono na razie tylko lwy, pingwiny i krokodyle.
Akcja zakończyła się pełnym sukcesem, bowiem ucierpiało tylko jedno zwierzę – flaming, który złamał nogę wyrywając się opiekunom. Większość zwierząt z Pragi trafiła tymczasowo do ogrodów zoologicznych w Libercu i Pilznie.
W Pilzeńskim ogrodzie zoologicznym tymczasem korzystając z powodziowego zamieszania z klatki wydostały się dwa tygrysy Cesar i Cicero. Nie uciekły jednak daleko – dwa wielkie koty przerażone stanęły na rozlewisku, po czym bez oporu dały się zaprowadzić z powrotem do klatki.
Obecna ewakuacja praskiego zoo jest już drugą w XXI wieku. Większość zwierząt trzeba było wywieźć także podczas „powodzi stulecia" w 2002 r. Zdobyte wówczas doświadczenie okazało się bardzo pomocne podczas obecnej akcji. Niestety ogród zoologiczny liczy się z poważnymi stratami – koszty ewakuacji i naprawy zniszczeń mogą sięgnąć równoważności ok. 30 mln zł.
