Po wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 przy „scentralizowanym" modelu rozliczeń VAT (tj. gdy gmina plus wszystkie podległe jej jednostki budżetowe składają jedną deklarację VAT-7) gmina ma prawo do odliczeń VAT w sytuacjach do tej pory niemożliwych.
Między jednostką budżetową a jej gminą
Po przyjęciu w danej gminie scentralizowanego modelu rozliczeń VAT, które może być dokonane już od obecnego okresu rozliczeniowego, a najpóźniej od 1 lipca 2016 roku (zgodnie z komunikatem Ministra Finansów), wiele się zmieni w zakresie opodatkowania podatkiem VAT wzajemnych rozliczeń pomiędzy gminą a jej jednostką budżetową (i na odwrót) oraz pomiędzy jednostkami budżetowymi tej samej gminy. Zmiany te dotkną zatem głównie tzw. rozliczeń wewnętrznych.
Przed centralizacją VAT w gminach rozliczenia pomiędzy jednostką budżetową a jej gminą (i na odwrót) były opodatkowane VAT wg ogólnych zasad. I chociaż orzecznictwo sądowoadministracyjne uznawało je za czynności niepodlegające VAT, to jednak organy podatkowe obstawały przy swoim i traktowały te rozliczenia jako opodatkowane VAT.
Dopiero wskutek centralizacji VAT w gminach sytuacja ta musi się diametralnie zmienić w oczach organów podatkowych. Bezpośrednim bowiem skutkiem centralizacji VAT w gminach jest fakt, że rozliczenia pomiędzy jednostką budżetową a jej gminą (i na odwrót) stają się, bo się stać muszą, czynnościami dokonywanymi w ramach jednego i tego samego podatnika VAT, tj. czynnościami wewnętrznymi. A takie czynności zawsze były i nadal są niepodlegającymi VAT.
Już bowiem kilka lat temu, w wyroku z 23 marca 2006 r. w sprawie C-210/04, Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał, iż czynności wykonywane między oddziałem a centralą firmy nie podlegają VAT. Jego zdaniem obowiązek w zakresie podatku VAT mógłby się w takiej sytuacji pojawić, gdyby stroną czynności była np. spółka zależna będąca oddzielnym od spółki bytem prawnym. Natomiast oddział spółki niebędący pod względem prawnym podmiotem odrębnym od samej spółki, należący do spółki i stanowiący jej część, na którego rzecz spółka odpłatnie świadczy usługi (i na odwrót), nie może być uznany za podatnika VAT tylko z tego względu, że spółka obciąża go kosztami z tytułu świadczenia tych usług.