Dla zobrazowania, załóżmy, że w trakcie budowy wspomnianej hali tylko jedna gmina występuje jako podmiot reprezentujący i to na nią wystawiane są faktury, choć w kosztach budowy partycypują obie gminy. Po wybudowaniu natomiast hala stanie się współwłasnością w częściach równych dwóch gmin i będzie wykorzystywana zarówno do czynności nieopodatkowanych (np. w celu organizacji zajęć wychowania fizycznego dla uczniów szkół należących do gmin) oraz do czynności opodatkowanych (np. wynajmowana na cele organizacji imprez sportowych oraz rozrywkowych). Oznacza to, że w związku z budową obiektu gminom częściowo przysługiwać będzie prawo do odliczenia VAT naliczonego i prawo to aktualizować się będzie już na etapie inwestycji i otrzymywania faktur zakupowych, a nie dopiero w momencie oddania hali do użytkowania. Powstaje więc pytanie, czy VAT odliczać będzie mogła tylko gmina, na którą wystawiane są faktury zakupowe czy też obie gminy. Wydaje się, że odpowiedź na to pytanie jest względnie łatwa. Skoro obie gminy wykorzystywać będą halę w swojej działalności i obie partycypują w kosztach jej budowy, obie są uprawnione do odliczania VAT naliczonego. Najprostszym rozwiązaniem będzie więc refakturowanie części (ustalonej odpowiednio do partycypacji w kosztach i udziale we współwłasności) kosztów przez jedną gminę na drugą gminę.
Takie rozwiązanie, na gruncie podobnego stanu faktycznego, przyjął Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 22 września 2011 r., sygn. I FSK 1127/10, uznając, że wewnętrzne płatności dokonywane między gminami, które zawarły porozumienie z tytułu współuczestnictwa w kosztach inwestycji, są opodatkowane VAT i jako takie powinny być dokumentowane fakturami. Przy takim rozwiązaniu każda gmina będzie mogła odliczyć odpowiednią część przypadającego na nią VAT naliczonego. Jednocześnie każda gmina będzie musiała zastosować właściwy dla niej prewspółczynnik.
Rozważając zaprezentowany przypadek, należałoby w mojej ocenie zastanowić się także nad tym, czy porozumienie między gminami nie jest typem konsorcjum. Z utrwalonego orzecznictwa dotyczącego wewnętrznych rozliczeń między członkami konsorcjum wynika natomiast, że uiszczane kwoty nie stanowią zapłaty za świadczenie usług w rozumieniu ustawy o VAT i z tego powodu nie podlegają opodatkowaniu tym podatkiem (np. wyrok NSA z 25 czerwca 2014 r., sygn. I FSK 1072/13, wyrok WSA w Gliwicach z 15 grudnia 2015 r., sygn. III SA/Gl 1493/15). Jednocześnie konsorcjum nie jest odrębnym podatnikiem VAT (o ile nie zostało zawarte w formie spółki cywilnej lub prawa handlowego), a rozliczeń z budżetem państwa dokonują wyłącznie jego członkowie. Tym samym, skoro faktury zakupowe wystawiane są tylko na jedną gminę, a wewnętrzne rozliczenia między gminami uczestniczącymi w konsorcjum dokonywane są na podstawie not, to pod znakiem zapytania stoi stanowisko organów podatkowych co do prawa drugiej gminy do odliczenia VAT naliczonego z faktur zakupowych. Wydaje się, że jej partycypacja w kosztach powinna odbywać się na poziomie kwot netto, całkowitą pewność w tym zakresie może jednak przynieść dopiero interpretacja indywidualna.
Pomiędzy jednostkami jednej gminy
Podobna do opisanej powyżej sytuacja może mieć miejsce również w ramach jednej tylko gminy. Zdarza się, że projekt realizowany jest przez jedną jednostkę budżetową danej gminy, a następnie jego efekty oddawane są innej jednostce i wykorzystywane przez nią do działalności znajdującej się poza zakresem VAT, zwolnionej oraz opodatkowanej. Po wdrożeniu centralizacji w gminie nie ma wątpliwości, że odliczenie VAT naliczonego odbywać się będzie na poziomie gminy i nie zachodzi tutaj problem związany z tym, czy i która z jednostek ma prawo do pomniejszania VAT należnego o VAT naliczony.
Z uwagi jednak na to, że w realizacji projektu brała udział jedna jednostka i to nią wystawiane były faktury zakupowe, a później jego efekty wykorzystywane są przez inną jednostkę, problematyczne staje się to, który z prewspółczynników w odliczeniu VAT (czy właściwy dla jednostki realizującej projekt, czy też dla jednostki wykorzystującej jego efekty) należy wykorzystać w celu ustalenia wysokości VAT naliczonego, podlegającego odliczeniu. Odpowiedzi na to pytanie nie daje ani ustawa o VAT, ani rozporządzenie w sprawie prewspółczynników, ani przygotowany projekt tzw. specustawy (regulującej zasady centralizacji rozliczeń VAT w gminach). Wydaje się jednak, że skoro efekty projektu wykorzystywane będą w działalności drugiej z jednostek, zastosować powinno się współczynnik dla niej właściwy i na jego podstawie ustalić częściową kwotę VAT naliczonego do odliczenia, która później centralizowana będzie z pozostałymi, podlegającymi odliczeniu kwotami podatku. Pewność w tym zakresie najprawdopodobniej przyniosą dopiero jednak przyszłe interpretacje ministra finansów i wyroki sądów, chyba że ustawodawca przewidzi w tym względzie odpowiednie przepisy.