Środki pochodzące z funduszy europejskich stały się od 2004 r. jednym z ważniejszych źródeł finansowania inwestycji realizowanych przez jednostki samorządu terytorialnego. Duża część środków finansowych w funduszach europejskich zarezerwowana jest na potrzeby działań związanych z ochroną środowiska, infrastrukturą transportową, edukacją, czy kwestiami społecznymi realizowanymi przez jednostki samorządu terytorialnego. Jednak beneficjenci powyższych funduszy obowiązani są do przestrzegania ściśle określonych wymogów co do posiadanej dokumentacji oraz wydatkowania otrzymanych środków.
Co orzekł Trybunał
Zgodnie z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 gmina Wrocław przeciwko ministrowi finansów, jednostki budżetowe gminy nie są podatnikami podatku od towarów i usług odrębnymi od gminy. Zdaniem Trybunału podmiot prawa publicznego może zostać uznany za podatnika w rozumieniu dyrektywy VAT, jeśli samodzielnie prowadzi działalność gospodarczą.
Gminne jednostki budżetowe wykonują działalność gospodarczą powierzoną im w imieniu i na rachunek gminy, nie ponoszą odpowiedzialności za szkody wyrządzone tą działalnością, ani nie ponoszą ryzyka gospodarczego tej działalności. Tym samym nie spełniają one kryterium samodzielności przewidzianego w przepisie i nie mogą być uznane za odrębnych podatników VAT. Relacja pomiędzy gminą a jej jednostkami budżetowymi w świetle tego orzeczenia może mieć wpływ na kwalifikowalność podatku VAT, będącego jednym z kosztów realizacji projektu dofinansowanego z funduszy europejskich.
Kwalifikowalność kosztów w funduszach europejskich
Ważnym pojęciem dotyczącym projektów realizowanych dzięki dofinansowaniu z funduszy europejskich jest kwalifikowalność kosztów. Koszty kwalifikowane to takie, które mogą zostać zrefundowane ze środków przekazanych z funduszy europejskich. Koszty niekwalifikowane to natomiast takie koszty, które nie mogą zostać zrefundowane ze środków pochodzących z funduszy europejskich, a beneficjent pomocy musi pokryć je we własnym zakresie.
Naliczony podatek od towarów i usług, jako jeden ze składników ceny nabycia towarów i usług niezbędnych do realizacji projektów dofinansowanych z funduszy europejskich, co do zasady nie może stanowić kosztu kwalifikowanego (tzw. zasada nr 7 załącznika do rozporządzenia Komisji Europejskiej 448/2004).