Strona samorządowa Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego zgłosiła liczne uwagi do ustawy o RIO. Postulowała m.in. wycofanie zapisu o kontrolowaniu samorządów przez RIO według kryterium celowości i gospodarności jako niekonstytucyjnych. W kolejnej wersji projektu, przedstawionej 13 września na posiedzeniu połączonych zespołów: ds. ustrojowych i systemu finansów publicznych, to kryterium zniknęło.
Pojawiła się też korzystna dla samorządów zmiana art. 92a ustawy o samorządzie gminnym dotycząca rozpatrzenia skargi na rozstrzygnięcia nadzorcze, o których mowa w art. 96 ust. 2 i w art. 97 ust. 1. Chodzi m.in. o skargę na odwołanie przez premiera wójta i powołanie komisarza. Ma być rozpatrzona w ciągu 30 dni. Obecnie sąd administracyjny wyznacza termin nie później niż w ciągu 30 dni od dnia wpłynięcia skargi.
Wagę zmiany najlepiej pokazuje historia najbardziej zadłużonej w kraju gminy – Ostrowice. Wójt Wacław Micewski odwołał się od rozstrzygnięcia nadzorczego prezesa Rady Ministrów do sądu w lutym 2016 r. Sprawę przegrał, więc odwołał się do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Termin rozprawy nieznany. Jednocześnie próba nieudzielenia wójtowi absolutorium w czerwcu nie udała się z powodu braku kworum członków rady gminy. Wójt więc wciąż kieruje gminą, przy ciągle rosnącym długu (ponad 35 mln zł). Może dlatego MSWiA zaproponowało też zmianę art. 97. Rozstrzygnięcia nadzorcze premiera mają być natychmiast wykonywane.
Samorządowcy zaprotestowali. Ich zdaniem godzi to w konstytucyjną samodzielność jednostek samorządowych i ich ochronę sądową.
Zdaniem Macieja Kiełbusa z Kancelarii Prawnej Dr Krystian Ziemski & Partners projektodawcy nie pozbawili samorządów sądowej ochrony.
