Budżet Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko-Pomorskiego zalicza je do tych mniejszych. Na początku realizacji perspektywy finansowej 2007 – 2013 Kujawsko-Pomorskie bardzo dobrze radziło sobie z wdrażaniem funduszy europejskich. Jednak od lipca 2009 roku poziom umów o dofinansowanie zawartych w województwie zaczął stale utrzymywać się poniżej przeciętnych wyników osiąganych przez programy regionalne.
Z końcem października 2010 r. wskaźnik kontraktów wyniósł 53,6 proc. budżetu przy średniej dla wszystkich programów regionalnych wynoszącej 60,2 proc. Z tym rezultatem województwo kujawsko-pomorskie sytuuje się na 1.1 miejscu w rankingu regionów najszybciej podpisujących umowy o dofinansowanie.
Natomiast poziom wydatków od początku tego roku kształtuje się bardzo blisko średniego poziomu wydatków we wszystkich programach. Na koniec października 2010 r. wartość wydatków (kwalifikowalnych w deklaracjach zatwierdzonych przez instytucję certyfikującą) wyniosła 17,1 proc. budżetu, czyli o 0,9 punktu procentowego mniej niż średnia dla wszystkich regionów. W przypadku wydatków certyfikowanych przesyłanych do Komisji Europejskiej region osiągnął 21 proc., co upoważnia do wzięcia udziału w podziale środków z krajowej rezerwy wykonania.
Oznacza to sprawną i terminową realizację projektów oraz to, że województwo kujawsko-pomorskie szybko wdrożyło nowe procedury związane z płatnościami obowiązujące od stycznia 2010 r.
Władze Kujawsko-Pomorskiego zarezerwowały pieniądze dla 79 indywidualnych projektów kluczowych. Wartość dofinansowania w części unijnej dla tych przedsięwzięć, dla których podpisano już umowy wynosi ponad 1,1 mld zł. Na inwestycje pozakonkursowe przeznaczono zatem dużą część budżetu, wyższą niż w większości pozostałych programów regionalnych.
