Ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski w "SE" mówi:

Przełożeni mówią, że księża mieli prawo podjąć taką decyzję. Tak po prostu stanowi prawo kanoniczne. Natomiast inną sprawą jest sposób, w jaki tego dokonali. Taki odgórny zakaz tylko niepotrzebnie nagłośnił cały problem. (…) Chodzi o ten cały harmider w mediach, z których większość chętnie podchwyciła temat. Co więcej, ksiądz Boniecki na pewno jest dziś w konflikcie z przełożonymi. Dlatego takie sprawy lepiej rozwiązywać poprzez dialog, a nie administracyjny zakaz.

Ks. Isakowicz-Zaleski uważa, że wypowiedzi zarówno księdza Natanka, jak i księdza Bonieckiego szkodzą Kościołowi

Rok temu tu w Krakowie była podobna sprawa z księdzem Natankiem i też przyniosła dokładnie odwrotny skutek. Ksiądz się zbuntował i wypowiedział posłuszeństwo. Ja również z powodu wypowiedzi na temat lustracji dostałem taki zakaz. Ksiądz kardynał Stanisław Dziwisz w czerwcu i październiku 2006 roku zabronił mi się wypowiadać, czemu ja się oczywiście podporządkowałem. Potem jednak, gdy się dwukrotnie z tego zakazu wycofał, znów zacząłem się wypowiadać.

(…) Wypowiedzi księdza Bonieckiego, które - zdaniem przełożonych - po prostu szkodzą Kościołowi. Nie zgadzam się z tym, co mówią księża Natanek i Boniecki. Niemniej dostrzegam pewną analogię z moją sytuacją. Przełożeni chcą zmusić swych podwładnych zakonnych do wyrażania innych poglądów. W wielu przypadkach ksiądz Boniecki poszedł o te parę mostów za daleko i nie dziwię się przełożonym, że tak zareagowali. Tylko sposób, w jaki to zrobili, jest dziwny i niedzisiejszy.