Podczas strajku jeden z dyrektorów warszawskich liceów został powiadomiony przez zespół MEN ds. Systemu Informacji Oświatowej, że powinien odnotować w systemie informację o strajkujących nauczycielach. Dalej instrukcja miała wskazywać: „Nauczycielom, którzy strajkują, należy wykazać nieobecność, wybierając jako jej przyczynę »zwolnienie z obowiązku prowadzenia zajęć na innej podstawie«. Wymagane jest podanie daty rozpoczęcia i zakończenia nieobecności".
W wystąpieniu do MEN z 19 kwietnia 2019 r. Rzecznik Praw Obywatelskich wskazał, że Konstytucja w art. 47 zawiera ogólne gwarancje ochrony prywatności, a jej art. 51 odnosi się bezpośrednio do aspektów ochrony prywatności związanych z przetwarzaniem informacji o jednostce. Doniosłość ochrony prawa do prywatności i autonomii informacyjnej jednostki wynika z jej związku z godnością. Dlatego wkraczanie w tę sferę obywateli jest możliwe tylko na podstawie ustawy, która ogranicza te prawa w sposób proporcjonalny.
Rzecznik już w wystąpieniu z 22 lutego 2013 r. do MEN sygnalizował wątpliwości dotyczące przetwarzania zbyt dużej liczby danych osobowych na poziomie centralnym w ramach SIO. Gromadzenie danych osobowych rodzi po stronie administratora danych odpowiedzialność za ich przetwarzanie i za ochronę konstytucyjnych wartości, do jakich należy prywatność i autonomia informacyjna.
Obowiązek rejestrowania przyczyn nieprowadzenia zajęć przez nauczycieli wynika z ustawy o SIO oraz odpowiednich przepisów wykonawczych. Z żadnego z tych przepisów nie wynika zaś podstawa prawna do gromadzenia danych o tym, że przyczyną nieprowadzenia zajęć był udział nauczyciela w strajku – podkreślał Adam Bodnar.
Dlatego poprosił minister edukacji narodowej Annę Zalewską o wskazanie podstawy prawnej przetwarzania w ramach SIO danych o udziale nauczycieli w strajku. Jeżeli taka podstawa zostałaby wskazana, zwrócił się o podanie dokładnego i konkretnego celu przetwarzania danych dotyczących nieprowadzenia zajęć przez strajkujących nauczycieli. Chciał także dowiedzieć się, jakie podmioty mają dostęp do tych danych i jak są zabezpieczone.