Zaletą systemu jest to, że w większości przypadków umożliwia szybkie uzyskanie postanowienia o wpisie do KRS, a na jego podstawie stosunkowo szybkie nadanie numerów REGON i NIP, co umożliwia rozpoczęcie działalności. Brak wymogu posiadania bezpiecznego podpisu elektronicznego i zawarcia umowy spółki w formie aktu notarialnego zmniejsza koszty.
Skorzystanie z systemu S24 wymaga jednak większej liczby wizyt w urzędach lub na poczcie, niż przy zakładaniu spółki drogą tradycyjną w „jednym okienku". Ponadto praktyka poszczególnych sądów i urzędów potrafi się znacznie różnić – co bywa bardzo uciążliwe, zwłaszcza dla początkujących przedsiębiorców.
Zakładanie spółki w systemie S24 można podzielić na dwa etapy: internetowy i pisemny. W pierwszym z nich, drogą elektroniczną, zawierana jest umowa spółki i wysyłany wniosek o rejestrację w KRS.
Na miano największego problemu w systemie S24 zasługuje niemożność zastosowania do wynikających z umowy spółki braków wniosku o wpis do KRS art. 165 ksh, tj. wezwania przez sąd do ich usunięcia pod rygorem odmowy wpisu. Zmiana tej umowy dopuszczalna jest w tym trybie dopiero po rejestracji. Brak taki prowadzić będzie do wydania postanowienia o odmowie wpisu, chociaż w przypadku spółki zakładanej tradycyjną drogą mógłby zostać usunięty przed rejestracją.Z uwagi na istnienie wzorca umowy spółki zawieranej w systemie S24, właściwie jedyne zastrzeżenia sądu wywoływać może firma (nazwa) spółki, gdy niedostatecznie odróżnia się ona od innych firm. Warto zatem przed przystąpieniem do rejestracji spółki sprawdzić w wyszukiwarce podmiotów na stronie ems.ms.gov.pl czy wymyślona przez nas nazwa nie jest już wykorzystywana przez inny podmiot prowadzący działalność na tym samym rynku. Istnienie spółki o tej samej nazwie nie musi stać na przeszkodzie rejestracji naszej spółki, jeżeli ma zupełnie inny przedmiot działalności lub prowadzi działalność w innej części kraju.
Ewentualne postanowienie o odmowie wpisu pociąga za sobą koszty. Jego uprawomocnienie się skutkuje utratą 513,20 zł opłaty sądowej i manipulacyjnej. Sąd zwróci nam tylko 100 zł opłaty za ogłoszenie w MSiG.Jeżeli postanowienie o odmowie zostało wydane przez referendarza sądowego, można wnieść skargę na jego orzeczenie, od której opłata wynosi 100 zł, a jeżeli przez sędziego - apelację, ale już z opłatą 500 zł. Niestety opłaty te zostaną zwrócone tylko w razie stwierdzenia, że postanowienie o odmowie wpisu w sposób oczywisty naruszało prawo.
