Przepisy ustaw regulujących stosunek państwa do kościołów i innych związków wyznaniowych przewidują możliwość przywrócenia własności nieruchomości objętej wnioskiem o zwrot lub odszkodowania. Agencja Nieruchomości Rolnych uczestniczy w postępowaniach. Ich celem jest umożliwienie przekazania w toku postępowania regulacyjnego kościelnej osobie prawnej (związkowi wyznaniowemu) nieruchomości zamiennych z Zasobu Własności Nieruchomości Rolnej Skarbu Państwa, także gdy przedmiotem postępowania regulacyjnego są nieruchomości inne niż rolne. Gdy oddanie tej samej nieruchomości nie jest możliwe, Skarb Państwa może przyznać własność nieruchomości zamiennej. A gdy np. dochodzona przez Kościoły i związki wyznaniowe nieruchomość nigdy nie była lub nie jest rolną, Skarb Państwa wypłaca odszkodowanie.
Takie rozwiązanie jest niekorzystne z punktu widzenia budżetu i aktualnej sytuacji finansów publicznych. Dlatego też minister administracji i cyfryzacji opracował projekt noweli ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami Skarbu Państwa. Rozszerza on możliwości przekazywania nieruchomości zamiennych. Dzięki temu zostaną ograniczone roszczenia o przyznanie odszkodowań wypłacanych z państwowej kasy. Resort szacuje, że będzie to nawet 10 mln zł rocznie. W okresie od stycznia 2009 r. do czerwca 2013 r. w komisjach zapadło bowiem łącznie 990 rozstrzygnięć, a łączna suma odszkodowań w tych sprawach wyniosła ponad 48 mln zł.
Etap legislacyjny: uzgodnienia międzyresortowe