Odkrycia dokonano przypadkowo, podczas prac budowlanych na terenie należącym do zgromadzenia zakonnego Legioniści Chrystusa.
W tym miejscu powstaje Centrum Magdala pomyślane jako ośrodek religijnego dialogu i tolerancji. W maju tego roku Benedykt XVI wmurował tam kamień węgielny.
Synagoga zajmowała powierzchnię 120 metrów kwadratowych. Podstawowym materiałem budowlanym był kamień. Dach podtrzymywały kolumny, posadzkę stanowiła mozaika ułożona z wzorów geometrycznych. W centralnej sali synagogi zachowały się fragmenty malowanych tynków oraz kamienne ławki służące wiernym podczas modlitw.
Według wstępnych ustaleń świątynia funkcjonowała półtora stulecia, od mniej więcej 50 roku p.n.e. do 100 roku n.e. Według opinii żydowskich i chrześcijańskich archeologów w Magdali została odkryta jedna z najstarszych synagog, powstała jeszcze przed zniszczeniem Jerozolimy w 70 roku n.e. – Odkrycie tak antycznej synagogi zaskoczyło nas całkowicie – przyznał ojciec Juan Maria Solana, dyrektor Centrum Notre Dame w Jerozolimie, inspirator budowy Centrum Magdala.
W ruinach archeolodzy odnaleźli kamienną, czworościenną stelę z płaskorzeźbami na czterech bokach. Wśród nich na szczególną uwagę zasługuje bardzo dobrze zachowana płaskorzeźba menory, czyli siedmioramiennego świecznika na trójkątnej podstawie, z dwoma amforami po jej lewej i prawej stronie.
