Jako ogólnie prawidłowe kontrolerzy NIK ocenili działania Inspekcji Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych oraz Inspekcji Handlowej. Właściwy był też nadzór Państwowej Inspekcji Sanitarnej nad bezpieczeństwem żywności. Przestrzegano procedur systemu Wczesnego Ostrzegania o Niebezpiecznej Żywności i Paszach (RASFF), przekazując bezzwłocznie informacje o zagrożeniach. Uchybienia dotyczyły częstotliwości kontroli przeprowadzanej na targowiskach.
Organy inspekcji rzetelnie realizowały wieloletnie plany kontroli oraz właściwie rozpoznawały zagrożenia na rynku artykułów rolno-spożywczych. W większości kontrolowanych jednostek ewidencjonowano podmioty produkujące żywność, których działalność wymagała zgłoszenia i rejestracji. Niekiedy jednak powiatowi lekarze weterynarii nie podejmowali odpowiednich działań, nie kontrolowali podmiotów, które nie zgłosiły prowadzenia działalności związanej z produkcją żywności, nie były więc uwzględniane w stosownych rejestrach.
Poszczególne organy inspekcji w większości skutecznie egzekwowały wykonanie zaleceń pokontrolnych oraz nałożone kary administracyjne i grzywny.
Natomiast pomiędzy Państwową Inspekcją Sanitarną a Inspekcją Weterynaryjną nie wypracowano - pomimo kilkuletniej korespondencji - zakresu kompetencji, dotyczącego nadzoru obu inspekcji nad sklepami wielkopowierzchniowymi i obiektami na targowiskach, w których dokonywany był rozbiór i przetwarzanie mięsa. Stwierdzono także przypadki nieprzekazywania pomiędzy organami inspekcji informacji o nielegalnej produkcji żywności.
Działania ministra rolnictwa i rozwoju wsi na rzecz bezpieczeństwa żywności były niespójne, fragmentaryczne i tylko doraźnie łagodziły skutki nieprawidłowości stwierdzanych przez Inspekcję Weterynaryjną. Nie wprowadzono skutecznych systemowych mechanizmów nadzoru m.in. nad sprzedażą targowiskową, ograniczających ryzyko wprowadzania do obrotu produktów pochodzenia zwierzęcego bez kontroli sanitarno-weterynaryjnej. Przepisy dotyczące uboju zwierząt na użytek własny nie naruszają wprawdzie przepisów prawa unijnego, jednak utrudniają Inspekcji Weterynaryjnej skuteczną kontrolę. Ponadto, w przypadku pozyskiwania mięsa na własny użytek, nie wykluczają metody badania mięsa świń i dzików niezapewniającej pełnej wykrywalności włośni, stanowiących zagrożenie dla zdrowia konsumentów.