Prawie żadnych kosztów związanych z IKE nie ponoszą ci, którzy podpisali umowę z bankiem. Opłata może się pojawić tylko wtedy, gdy klient zerwie umowę przed upływem 12 miesięcy od jej zawarcia. Czasami banki starają się uatrakcyjnić ofertę, dodając do niej coś ekstra. Na przykład BGŻ dokłada bezpłatny pakiet usług assistance.
Towarzystwa funduszy inwestycyjnych pobierają przede wszystkim opłatę za zarządzanie aktywami. Im jest ona niższa, tym lepiej. Należy jednak pamiętać, że fundusze lokujące środki w akcje mają najwyższe opłaty, nawet do 5 proc., ale równocześnie w długim okresie osiągają największe zyski. Poza tym w funduszach występuje opłata dystrybucyjna lub manipulacyjna, ale czasami przy IKE nie jest ona pobierana (np. w Allianz TFI czy BZ WBK AIB TFI). Niektóre towarzystwa oferują zniżki za lojalność (Pioneer Pekao TFI).
Zdarzają się również opłaty jednorazowe. Na przykład Legg Mason TFI przy pierwszej wpłacie pobiera ze składki za przystąpienie do IKE od 200 zł do 900 zł w zależności od wieku oszczędzającego. Im jest młodszy, tym więcej płaci.
Koszty związane z IKE prowadzonym przez firmę ubezpieczeniową (składają się na nie głównie opłaty za zarządzanie i manipulacyjne) zwykłe są wyższe niż w funduszu inwestycyjnym, ponieważ płaci się za ochronę ubezpieczeniową. Zgodnie z ustawą koszty tej ochrony i koszty administracyjne nie mogą przekroczyć 10 proc. wpłaty. Składka na ochronę ubezpieczeniową nie może być pokrywana ze środków zasilających rejestr emerytalny. Jeśli więc chcemy w pełni wykorzystać przysługujący limit wpłat uprawniających do zwolnienia podatkowego, to musimy jeszcze dopłacić składkę na ochronę życia. Czasami firma nie pobiera jakiejś opłaty, ale rekompensuje to sobie w inny sposób. Na przykład w PZU Życie nie ma opłaty za zarządzanie, ale przez długi czas oszczędzania występuje opłata manipulacyjna.
Firmy ubezpieczeniowe oferują IKE jako umowę dodatkową do polisy na życie albo jako oddzielny produkt (np. Generali). Czasem klienci mogą liczyć na bonusy. Na przykład Allianz dopłaca do kont osób, które straciły pracę lub stały się inwalidami w wyniku nieszczęśliwego wypadku.
