W związku z odbywającym się w tym tygodniu dorocznym posiedzeniem WHO, organizacja została ostro skrytykowana za niepodjęcie silniejszej i bardziej zdecydowanej roli w walce z pandemią.

Na prywatnych spotkaniach wewnętrznych w pierwszych dniach epidemii, czołowi naukowcy opisali podejście niektórych państw jako "niefortunne laboratorium do badania wirusa" i "makabryczna" możliwość ujrzenia, co zadziałało. Publicznie agencja zdrowia chwaliła rządy za ich odpowiedź na pandemię. Do nagrań dotarła agencja Associated Press. 

W prywatnych rozmowach eksperci skarżyli się, że państwa europejskie gromadzą niezbędne materiały do walki z epidemią. Krytykowali także podejście Wielkiej Brytanii. Zwracali uwagę na fakt, że cała Europa była zamknięta, a rozgrywki piłkarskie na Wyspach nadal trwały. Dodatkowo WHO obawiała się, że rząd w Londynie zdecyduje się na taktykę polegającą na uzyskaniu w kraju odporności stadnej.

Jednym z głównych problemów stojących przed WHO jest to, że nie ma ona uprawnień wykonawczych ani autorytetu do prowadzenia niezależnych dochodzeń w poszczególnych krajach. Zamiast tego, agencja zdrowia opiera się na zakulisowych rozmowach i współpracy państw członkowskich.

Wraz z rozwojem pandemii, WHO unikała krytyki państw, które każdego roku przekazują spore sumy pieniędzy, m.in. Japonii, Francji i Wielkiej Brytanii, choć państwa te popełniały powtarzające się błędy, co wynika z prywatnych rozmów i dokumentów, do których dotarła agencja AP.

Niektórzy eksperci w dziedzinie zdrowia publicznego twierdzą, że brak wywierania wpływu przez WHO uwiarygodnia kraje przyjmujące ryzykowną politykę w zakresie epidemii, co może zagrozić wysiłkom na rzecz powstrzymania wirusa.

Zdarzały się sytuację, gdy WHO krytykowała państwa członkowskie. Organizacja zagroziła zamknięciem swojego biura w Chinach, gdy kraj ten ukrywał przypadki epidemii SARS, głośno wezwała Nigerię do wycofania bojkotu szczepionki przeciw polio w 2003 r. i oskarżyła Tanzanię o to, że w zeszłym roku nie podzieliła się wystarczającymi informacjami na temat epidemii Eboli.