Istnienie bakterii wywołujących u ludzi choroby przez wiele lat pozostawało tajemnicą, choć co jakiś czas pojawiał się na świecie śmiałek, który sugerował, że problemy ze zdrowiem nie muszą być tylko i wyłącznie skutkiem kar boskich. Takim był chociażby kolega Mikołaja Kopernika ze studiów w Padwie Girolamo Fracastoro, który w swoim dziele z 1546 r. „De Contagione et Contagiosis Morbis" („O zakażeniu i chorobach zakaźnych") stwierdził, że za choroby odpowiadają zarodki. Z zapisków Włocha nie wynikało jednak, czym dokładnie są owe zarodki i skąd się biorą w ciele człowieka.
Dopiero 140 lat później, pod własnoręcznie wykonanym mikroskopem, bakterie zaobserwował Holender Antonie van Leeuwenhoek. Nazwał je animalcules, a swoje obserwacje i wnioski zawarł w serii listów kierowanych do Towarzystwa Królewskiego w Londynie. To wystarczyło, by ten przyrodnik i przedsiębiorca, niemający jednak żadnego formalnego wykształcenia uniwersyteckiego, nazywany był ojcem współczesnej mikrobiologii.
Animalcules przekształciło się w „bakterie" blisko dwa stulecia później, w 1838 r. Samo słowo „bakteria" pochodziło od greckiego bakt?rion, które znaczy mniej więcej tyle, co „pałeczka".
Wiedza na temat tego, co nazwane, zaczęła pogłębiać się dużo szybciej niż na przestrzeni minionych wieków. Już w 1859 r. Ludwik Pasteur wykazał, że przyrost bakterii i innych mikroorganizmów powoduje proces fermentacji. Badania te zaowocowały opracowaniem metody konserwacji żywności poprzez obróbkę termiczną. Pasteur obalił również mającą swoje korzenie jeszcze w starożytności teorię samorództwa drobnoustrojów. Wedle jej założeń np. mszyce miały powstawać z rosy opadającej na rośliny, pchły z gnijącej materii, a muchy z mięsa.
Jakiś czas później niemiecki lekarz Robert Koch w trakcie badań nad prątkami gruźlicy ostatecznie potwierdził swoją teorię na temat rozwoju chorób bakteryjnych, ich rozprzestrzeniania się i leczenia, za co w 1905 r. nagrodzono go medycznym Noblem. Pięć lat później tę samą nagrodę otrzymał Paul Ehrlich. Wyróżniono go za opracowanie pierwszego w historii antybakteryjnego leku, który skutecznie zwalczał krętki blade wywołujące kiłę. Był to właśnie jeden z sulfonamidów.
