Zlikwidowane od Nowego Roku Ministerstwo Skarbu Państwa zaczęło działać 1 października 1996 roku. Powstało w ramach reformy centrum administracyjnego rządu, przeprowadzonej przez ekipę SLD-PSL Włodzimierza Cimoszewicza. Za powołaniem takiego resortu stała idea, by jeden ośrodek zajmował się z jednej strony przekształceniami własnościowymi, a z drugiej pełnił rolę organu właścicielskiego we wszystkich spółkach Skarbu Państwa, wcześniej "przyporządkowanych" różnym resortom (do tego modelu wrócono teraz).
Już jednak powołanie MSP wywołało napięcia między ówczesnymi koalicjantami - SLD i PSL. We wszystkich rządach tej koalicji od wyborów w 1993 roku (Waldemara Pawlaka, Józefa Oleksego i Włodzimierza Cimoszewicza) na czele Ministerstwa Przekształceń Własnościowych stał Wiesław Kaczmarek z SLD. Od początku jednak PSL było mu bardzo niechętne, a ówczesny poseł PSL Bogdan Pęk składał kilkakrotnie wniosek o wotum nieufności wobec koalicyjnego ministra. Ponieważ tworzone MSP przejmowało kompetencje likwidowanego MPW, naturalnym kandydatem SLD na ministra skarbu był także Kaczmarek. PSL jednak postawiło w tej sprawie zdecydowane weto, grożąc nawet wyjściem z koalicji. W efekcie pierwszym ministrem skarbu państwa został Mirosław Pietrewicz z PSL, który jednocześnie pełnił funkcję wicepremiera.
Po zwycięstwie Akcji Wyborczej Solidarność w wyborach parlamentarnych 1997 i powstaniu kierowanego przez Jerzego Buzka rządu AWS-Unia Wolności na czele MSP stanął Emil Wąsacz. Jego działalność niemal od początku wzbudzała ogromne kontrowersje, także wśród posłów AWS. Za czasów Wąsacza znacznie przyspieszony został bowiem proces prywatyzacji, a "na sprzedaż" wystawione zostały kluczowe dla Skarbu Państwa spółki, takie jak m.in. Domy Towarowe Centrum, Telekomunikacja Polska czy PZU. Wszystkie te prywatyzacje wzbudzały ogromne polityczne emocje, a wobec Wąsacza trzykrotnie kierowany był wniosek o wotum nieufności. Ostatni z tych wniosków, ze stycznia 2000 roku, miał duże szanse powodzenia, bo popierała go znaczna część posłów AWS z szefem sejmowej komisji skarbu państwa Tomaszem Wójcikiem na czele (poparło go ostatecznie 21 posłów Akcji, a Wąsacz ocalał jednym głosem).