Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej 18 maja 2017 r. wydał interpretację indywidualną dotyczącą prawa do odliczenia VAT przez gminę, która realizowała inwestycję polegającą na przebudowie i rozbudowie dawnego budynku klasztoru (sygnatura interpretacji: 0112-KDIL1-1.4012.40. 2017.1.MJ).
Wniosek o wydanie interpretacji złożyła gmina, która planowała realizację projektu polegającego na przystosowaniu dawnego budynku klasztoru na potrzeby Centrum Aktywności Społecznej. W ramach projektu miały zostać wykonane m.in. prace takie jak przebudowa i zmiana sposobu użytkowania wszystkich pomieszczeń przyziemia i piwnic, przebudowa i modernizacja pomieszczeń na poszczególnych piętrach, termomodernizacja lub wymiana instalacji elektrycznych, cieplnych czy wodno-kanalizacyjnych. Budynek klasztoru w chwili rozpoczęcia projektu był obiektem nieużytkowanym, wpisanym do rejestru zabytków. Sam projekt, oprócz odrestaurowania budynku klasztoru, miał na celu ograniczenie skali występowania negatywnych zjawisk kryzysowych na obszarze zdegradowanym „Śródmieście" oraz nadanie temu obszarowi nowych funkcji gospodarczych, edukacyjnych, turystycznych, rekreacyjnych, społecznych i kulturalnych.
W wyniku przebudowy, w budynku miały powstać pomieszczenia o różnym przeznaczeniu: m.in. punkt informacji turystycznej i promocja lokalnej przedsiębiorczości oraz bar prowadzony przez spółdzielnię socjalną. Udostępnienie tego ostatniego pomieszczenia miało nastąpić na podstawie cywilnoprawnej umowy najmu. Ponadto, część budynku miała zostać przeznaczona na działalność uniwersytetu trzeciego wieku oraz izby historii. Pomieszczenia w tych częściach także miały być udostępniane na podstawie cywilnoprawnych umów najmu. Projekt miał zostać sfinansowany częściowo ze środków własnych gminy oraz częściowo ze środków europejskich w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego. Składając wniosek o dofinansowanie gmina wskazała, że podatek VAT będzie kosztem niekwalifikowalnym, gdyż założyła, że będzie jej przysługiwało prawo do odliczenia VAT.
Na tle tak zarysowanego stanu faktycznego, gmina zadała pytanie, czy w odniesieniu do wydatków związanych z realizacją projektu, będzie jej przysługiwało prawo do częściowego odliczenia podatku VAT. Zdaniem gminy, odpowiedź na to pytanie powinna być twierdząca.
Uzasadniając swoje stanowisko gmina przywołała treść przepisów ustawy o VAT, w szczególności art. 15, wskazujący jakie podmioty i w jakich warunkach są podatnikami VAT, a także art. 86 regulujący kwestię prawa do odliczenia VAT. Uwzględniając treść wskazanych przepisów gmina stwierdziła, że wynajmując pomieszczenia w nowo utworzonym Centrum Aktywności Społecznej, będzie występowała w charakterze podatnika VAT, gdyż nie zostaną spełnione przesłanki określone w art. 15 ust. 6 ustawy o VAT. Jednocześnie, część budynku przeznaczona na punkt informacji turystycznej i promocję lokalnej przedsiębiorczości będzie związana z działalnością statutową gminy, a zatem niepodlegającą VAT. W konsekwencji gmina stanęła na stanowisku, iż w związku z przeznaczeniem budynku równocześnie na działalność gospodarczą opodatkowaną VAT oraz działalność statutową niepodlegającą opodatkowaniu, zastosowanie znajdą przepisy ustawy o VAT dotyczące odliczenia VAT za pomocą prewspółczynnika. Dyrektor KIS, uznał stanowisko gminy ze w pełni prawidłowe i odstąpił od sporządzenia uzasadnienia prawnego.