Odporność na antybiotyki to cecha niektórych szczepów bakterii. Część mikrobów posiada naturalną strukturę, która chroni je przez wpływem substancji dla nich toksycznych. Drugi rodzaj odporności powstaje wskutek „pożyczenia" odpowiednich genów od innych mikroorganizmów lub drogą spontanicznych mutacji.
Zmiany zachodzące w komórkach bakterii niekiedy podnoszą ich wytrzymałość na toksyczne działanie antybiotyków. W takich przypadkach wystarczy zwiększenie dawki medykamentu. Znacznie groźniejsze dla nas są mutacje, które całkowicie unieszkodliwiają leki. Wówczas konieczna jest całkowita zmiana programu leczenia infekcji.