Od samego początku zarzucano jej współudział w zabójstwie dwóch dziennikarzy rosyjskich (w czerwcu 2014 roku w obwodzie ługańskim na wschodzie Ukrainy). Komitet Śledczy Rosji twierdzi, że pilotka przekazywała ukraińskim żołnierzom współrzędne, pod którymi mieli się znajdować dziennikarze. Tymczasem rosyjska agencja Interfax podała, że w ostatniej chwili śledczy zmienili zarzut i teraz oskarżają Sawczenkę nie o współudział w zabójstwie, lecz o zabójstwo dwóch dziennikarzy. Do tego oskarżają ją o „nielegalne przekroczenie ukraińsko-rosyjskiej granicy". Sawczenko twierdzi, że została porwana przez prorosyjskich separatystów w obwodzie ługańskim i przewieziona do Rosji.

Z kolei rzecznik prasowy Komitetu Śledczego Władimir Markin poinformował, że śledztwo przeciwko Sawczenko zostało zakończone, a akt oskarżenia wysłano do prokuratury, która ma skierować go do sądu. Według obrońców pilotki, sporządzony przez Komitet Śledczy dokument nie zawiera wyraźnych dowodów jej winy. Adwokaci wnioskowali, by w procesie uczestniczyła ława przysięgłych, lecz wniosek ten został odrzucony. Nie wiadomo również, w jakiej rosyjskiej miejscowości odbędzie się proces.

Będąc w rosyjskim areszcie, Nadia Sawczenko została deputowaną Rady Najwyższej Ukrainy. Obecnie jest również członkiem ukraińskiej delegacji Zgromadzenia Parlamentarnego Rady Europy. O niezwłoczne uwolnienie ukraińskiej pilotki wielokrotnie apelowali zachodni przywódcy, jednak te działania nie przyniosły rezultatu. Według rosyjskiego kodeksu karnego Nadii Sawczenko, która na ojczyźnie została uznana za bohatera, grozi dożywocie (minimalna kara, na którą zezwala rosyjskie prawo w tym przypadku, to 8 lat więzienia).