Moczulski przyznaje, że dostrzegał w tym czasie u prałata pewne słabości. – On bardzo lubił blichtr, ceremoniał, sztukę. Na pewno nigdy nie należał do skromnych kapłanów z jedną sutanną. Ja tego nie uważam za wadę – dodaje.
Po 1989 r. w mediach pojawiają się artykuły o przepychu ks. Jankowskiego: cennych gdańskich meblach w jego mieszkaniu, złotych pierścieniach. Jego sylwetka w „Gazecie Wyborczej” opublikowana w 1993 r. zaczyna się tak: „Bardzo lubi defilady, parady, orkiestry, mundury. A nade wszystko ordery. I lubi pokazywać się udekorowany, a odznaczeń ma bez liku”. Ks. Jankowski wyznał wtedy, że od lat chłopięcych imponował mu mundur, marzył, by zostać żołnierzem. Zdaniem „GW” chciał zostać biskupem polowym. Pozostał proboszczem parafii św. Brygidy. I budził coraz więcej kontrowersji.
W 1997 r. arcybiskup gdański Tadeusz Gocłowski zakazał mu głoszenia kazań przez 12 miesięcy. Podczas homilii powiedział bowiem, że „nie można tolerować mniejszości żydowskiej w polskim rządzie”. Wielokrotnie budził kontrowersje wystrój Grobu Pańskiego w parafii św. Brygidy. W 2004 r. abp Gocłowski po raz kolejny zakazał mu głoszenia kazań i odwołał z probostwa. Pod koniec tego roku Instytut Jankowskiego rozpoczął dystrybucję wina „Monsignore – Prałat”. Dochód chciał przeznaczyć na ukończenie budowy bursztynowego ołtarza w kościele św. Brygidy. – Mam wrażenie, że ksiądz Jankowski po 1989 r. czuł się niedoceniany, zapomniany przez ludzi. Szukał swojego miejsca – uważa Wojciech Polaczek.
[srodtytul]Ludzie nie są czarno-biali[/srodtytul]
Gałęzewski z kolei mówi, że prałat się nie zmienił po 1989 r. – To sytuacja się zmieniła, a on został sam. Wiele razy zastanawiałem się, ile w tym naszej, ludzi „S”, winy. Zostawiliśmy go samego, a on wpadł w ręce ludzi, którzy nim manipulowali – uważa. Jego zdaniem informacje o przepychu wokół ks. Jankowskiego często były nieprawdziwe. Podkreśla, że duchowny pomagał biednym. Dochód ze sprzedaży wody mineralnej firmowanej jego nazwiskiem został przekazany na edukację i stypendia szkolne. „Dziennik Bałtycki” przypominał, że prałat pomagał oddziałom dziecięcym pomorskich szpitali i Domowi Małego Dziecka. A dzięki jego kontaktom z amerykańską Polonią do Gdańska trafiały leki warte miliony dolarów. – Jako duszpasterz zawsze starał się być blisko ludzi i służyć im. Nie można o tym zapominać nawet, jeśli jako społecznik po 1989 r. nieco się zagubił – mówi ks. Krzysztof Mądel, jezuita.
W III RP na próbę została też wystawiona legenda opozycyjna ks. Jankowskiego. W 2009 r. IPN wydał książkę „Kontakt operacyjny Delegat vel Libella”. Wynika z niej, że kapłan był prawdopodobnie nieświadomym źródłem informacji wykorzystywanych przez SB przeciwko „S”. – Był też jednak bohaterem. Jego zasługi dla podziemnej „S” są ogromne i niepodważalne. To dzięki niemu gdański kościół św. Brygidy stał się bastionem opozycji. Ludzie nie są czarno-biali – mówi Grzegorz Majchrzak, historyk IPN, autor książki. Po tej publikacji duchownego bronił Lech Wałęsa. – Naprawdę znam ks. Jankowskiego, naprawdę wiem, ile zrobił dla Polski, ja naprawdę wiem, że bez ks. Jankowskiego nie byłoby sukcesu i zwycięstwa. I nawet jeśli gdzieś popełnił niezręczność, to zrobił tak dużo dobrego, że nie mówmy o tym – apelował były prezydent.