Efektem prac ma być skrócenie przejazdu pociągów dalekobieżnych w kierunku Zakopanego o około 12-15 minut, a pociągów lokalnych o około 5 minut. Poprawi się także przejazd w kierunku Skawiny oraz Oświęcimia. Zwiększy się bezpieczeństwo i podniesie komfort podróży dzięki zaplanowanym nowym węzłom przesiadkowym.

Będą dwa nowe przystanki. Pierwszy z nich powstanie w dzielnicy Zabłocie, gdzie w ub. roku wyburzono dotychczasowy przystanek. Nowy (przystosowany do obsługi niepełnosprawnych) zostanie przesunięty o 50 metrów bliżej Wisły. Pasażerowie będą wychodzić na peron schodami z hali przystankowej znajdującej się pod torami. Obecnie w sąsiedztwie prowadzone są roboty torowe i prace związane z budową wiaduktu kolejowego na linii Kraków Główny – Medyka. Od połowy marca pociągi będą już kursować nowym torem po części stawianego wiaduktu. Wtedy zamknięty zostanie drugi tor i ruszy rozbiórka nasypu, a następnie budowa drugiej części wiaduktu oraz nowych torów.

Drugi przystanek budowany będzie w dzielnicy Krzemionki. Tymczasowy przystanek zostanie uruchomiony po zaplanowanym na koniec kwietnia wznowieniu przejazdów na odcinku Kraków Płaszów – Kraków Bonarka. Docelowo zmodernizowany obiekt zostanie przesunięty bliżej skrzyżowania ulic Powstańców Wielkopolskich i Wielickiej, a także podwieszony pomiędzy budowanymi estakadami łącznicy.

Ta ostatnia połączy oba przystanki i będzie się składać z dwóch estakad oraz wiaduktu kolejowego. Zostaną one postawione na 30 filarach o wysokości od 8 do 15 metrów. Obecnie budowanych jest 9 podpór – cztery z nich osiągnęły już wysokość ok. 6 metrów, dla pięciu robione są fundamenty. Łącznica przebiegać będzie w rejonie skrzyżowania ulic Wielickiej, Powstańców Wielkopolskich, Limanowskiego oraz Powstańców Śląskich.

Montaż przęseł estakady na tym skrzyżowaniu będzie wymagał wyłączenia skrzyżowania z ruchu. Wstępnie prace zaplanowano na wakacje przyszłego roku. Pod estakadami łącznicy powstanie nowa przestrzeń, którą miasto może odpowiednio urządzić uwzględniając m.in. plan rewitalizacji Zabłocia. Poza budową łącznicy i przebudową przystanków inwestycja obejmuje także przebudowę torów linii nr 91, nr 94 i nr 603, ponadto przebudowę sieci trakcyjnej, urządzeń elektroenergetycznych, urządzeń sterowania ruchem kolejowym oraz zabudowanie 6 rozjazdów kolejowych. Zlecenie zrealizuje konsorcjum firm Budimex i Ferrovial Agroman.

Kolej ubiega się o dofinansowanie krakowskiej inwestycji przez Unię Europejską ze środków Funduszu Spójności w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko.