Nie czekając, aż sąd rozpatrzy odwołanie prokuratury od jego decyzji o tropieniu winnych zbrodni wobec republikanów, Garzon przychylił się do jej argumentów. Po pierwsze umorzył postępowanie przeciwko generałowi Francisco Franco i 34 innym nieżyjącym frankistowskim dostojnikom z lat wojny domowej (1936 – 1939) i okresu powojennego (do 1955 roku). Po drugie – również zgodnie z sugestią prokuratury – śledztwa w sprawie zaginionych republikanów przekazał prowincjom, w których znajdują się ich zbiorowe mogiły.
[wyimek]Garzon wywołał w Hiszpanii burzę, oskarżając ludzi generała Franco o „zbrodnie przeciw ludzkości”[/wyimek]
W połowie października Baltasar Garzon wywołał w Hiszpanii burzę, ogłaszając, że osądzi „zbrodnie przeciwko ludzkości”, których – jak twierdził – dopuścili się ludzie Franco. – To absurdalny zarzut. Jeśli chcą osądzać przestępstwa, wyjdzie na jaw mnóstwo zbrodni popełnionych przez komunistów, socjalistów, generalnie przez republikanów. Na lewicy jest wielu ludzi, których to niepokoi – komentował w rozmowie z „Rz” hiszpański pisarz i publicysta Pio Moa.
– Frankiści rozstrzelali wielu niewinnych ludzi. Ale rozstrzelali też wielu przestępców, którzy popełnili straszliwe zbrodnie. Rząd i sędzia Garzon próbują teraz wykazać, że wszyscy – zabójcy i niewinni – są równi, że wszyscy są ofiarami frankizmu – mówił.
Prokuratura podważyła podstawy prawne śledztwa Garzona. Orzekła, że sprawę zbrodni i lewicy, i prawicy, zamknęła raz na zawsze amnestia z 1977 roku, że w latach 30. nie istniało pojęcie „zbrodni przeciw ludzkości”, a kompetentne w sprawie „nielegalnych uprowadzeń” są sądy prowincji, w których doszło do takich czynów. Mimo apelacji sędzia zezwolił jednak na ekshumację szczątków republikanów ze zbiorowych mogił. Zaczęło się rozkopywanie mogił, które 7 listopada nakazał przerwać sąd w Madrycie.