Dunikowskiego (1875-1964) doskonale znamy jako rzeźbiarza, jako malarza znacznie mniej. On sam traktował malarstwo na równi z rzeźbą. - Dzięki temu, że umiem malować, potrafię i rzeźbić. - twierdził. Malarstwem interesował się już jako student Szkoły Sztuk Pięknych w Krakowie. Brał wówczas udział w plenerach malarskich Jana Stanisławskiego.
Niektóre jego obrazy i szkice są obecnie prezentowane po raz pierwszy, inne nie były pokazywane publicznie od kilkudziesięciu lat.
Tematyka, która Dunikowski zajmował się jako malarz jest bardzo różnorodna W Królikarni możemy obejrzeć portrety, które tworzył od lat 20. XX wieku; malarski cykl reminiscencji z Auschwitz, a także obrazy na temat natury, przyrody, czasu i kosmosu.
Autoportrety, portrety przyjaciół i rodziny powstawały od lat 20. XX wieku. Artysta wielokrotnie malował córkę m.in. Marię Xawerę Dunikowską. Natomiast nie znamy żadnej rzeźby jej poświęconej. Na obrazach zawsze przedstawiał ją w tym samym naszyjniku z niebieskich kamieni i w sukience w kolorze oranżu.
Uwagę zwraca także „ Portret Antoine'a Cierplikowskiego w stroju Arlekina” – słynnego ekscentrycznego fryzjera, którego Dunikowski poznał w Paryżu w 1914 roku. Ich przyjaźń przdtrwała przez lata. Po II wojnie światowej rozdzieliła ich „żelazna kurtyna”. Gdy Dunikowski uzyskał zgodę od władz na wyjazd do Paryża w 1957 roku, zatrzymał się u Cierplikowskiego, który przyjął go „po królewsku” i zorganizował dla niego wiele atrakcji. Wtedy też artysta namalował portret przyjaciela. Kiedy Cierplikowski przyjechał do Polski w 1965 roku, w rok po śmierci Dunikowskiego, uczestniczył w otwarciu muzeum Xawerego Dunikowskiego w Królikarni. A rok później przekazał w darze dla muzeum między innymi ten portret.
W malarstwie Xawery Dunikowski znalazł też miejsce dla swych traumatycznych przeżyć wojennych (w latach 1940-1945 był więziony w Auschwitz). W 1948-1955 namalowa cykl obrazów, nawiązująących do obozowych przeżć, do którego należą płótna rakie, jak „Boże Narodzenie w Auschwitz w 1944 roku”, „Orkiestra”, „Ruszty”, „Droga do wolności”. Artysta przestrzega w nich przed tragedią wojny i jej brutalnymi konsekwencjami, a także stawia pytania o sens ludzkiej egzystencji i śmierci.I ostrzega przed każdym rodzajem wojny. Częstym motywem cyklu „Auschwitz” jest ognisty groźny pies z otwartym pyskiem o ostrych zębach, symbolizujący grozę wojny.
