Z Komunistyczną Partią Niemiec związał się na początku lat 30. XX wieku. Po objęciu władzy przez Hitlera zaczyna konspirować. W 1943 roku na jego trop wpadło gestapo. Od stryczka uratowała go nieprzeciętna wiedza chemiczna, która – jak uznał Wehrmacht – mogła zostać użyta na potrzeby wojenne.

Początkowo w NRD robi karierę – wstępuje do partii komunistycznej SED i zostaje szefem Instytutu Chemii Fizycznej na Uniwersytecie Humboldtów. Gdy 1963 r. Havemann zaczyna krytykować SED za dogmatyzm, zostaje usunięty i z partii, i z funkcji szefa instytutu. Nie ustępuje jednak i w 1968 r. protestuje ponownie – tym razem przeciwko udziałowi wojsk NRD w zdławieniu praskiej wiosny.