Bronił symboli papieskich w herbie Wadowic i rozpoczęto przeciwko niemu postępowanie dyscyplinarne. 11 kwietnia 2018 r. odbyła się pierwsza rozprawa w sprawie toczącej się przed Komisją Dyscyplinarną Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu przeciwko ks. prof. Pawłowi Bortkiewiczowi, któremu zarzuca się znieważenie i zniesławienie Burmistrza Wadowic Mateusza Klinowskiego. Co jest powodem postępowania dyscyplinarnego? Ks. prof. Bortkiewicz bronił herbu gminy i miasta Wadowice wraz z jego symboliką związaną z św. Janem Pawłem II (klucz św. Piotra jako symbol papieski oraz koroną z krzyżem). Latem 2017 roku w mediach pojawiła się informacja, że Burmistrz Wadowic – któremu dotychczas zarzucano publiczne obrażanie katolików - postanowił o usunięciu tego symbolu z herbu a ks. prof. Paweł Bortkiewicz skrytykował taką decyzję na antenie jednego z rozgłośni radiowych.
Symbolika herbu Wadowic nie jest przypadkowa - do tej pory herb przedstawiał orła Piastów śląskich oraz basztę z blankami, otoczone one były kluczami piotrowymi, wskazującymi, że to właśnie w tym mieście urodził się św. Jan Paweł II. Na falach jednej z rozgłośni radiowych ks. Prof. Paweł Bortkiewicz skrytykował włodarzy Wadowic za przedstawienie nowej identyfikacji graficznej miasta. Po dwóch nieudanych próbach przyjęcia nowego „loga" Burmistrz Mateusz Klinowski ostatecznie postanowił o pozostawieniu dotychczasowej symboliki miasta Wadowice.
Rzecznik dyscyplinarny zarzuca również ks. prof. Pawłowi Bortkiewiczowi znieważenie grupy eurodeputowanych Platformy Obywatelskiej, których nauczyciel akademicki skrytykował w jednym z wywiadów za poparcie na forum Parlamentu Europejskiego sankcji wobec Polski. Ks. Bortkiewicz zarzucił im zdradę. Oba zarzuty są obecnie rozpoznawane przez Komisję Dyscyplinarną w jednym postępowaniu.
Wskazując, że ks. prof. Paweł Bortkiewicz działał w granicach wolności słowa prawnicy Instytutu Ordo Iuris podjęli się obrony nauczyciela akademickiego, wnosząc o jego uniewinnienie. Na rozprawie w dniu 11 kwietnia br. Komisja dopuściła część dowodów zawnioskowanych przez obronę oraz zobowiązała ks. prof. Bortkiewicza do złożenia wyjaśnień na piśmie.
