Strona samorządowa Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego zgłosiła liczne uwagi do ustawy o RIO. Postulowała m.in. wycofanie zapisu o kontrolowaniu samorządów przez RIO według kryterium celowości i gospodarności jako niekonstytucyjnych. W kolejnej wersji projektu, przedstawionej 13 września na posiedzeniu połączonych zespołów: ds. ustrojowych i systemu finansów publicznych, to kryterium zniknęło.
Pojawiła się też korzystna dla samorządów zmiana art. 92a ustawy o samorządzie gminnym dotycząca rozpatrzenia skargi na rozstrzygnięcia nadzorcze, o których mowa w art. 96 ust. 2 i w art. 97 ust. 1. Chodzi m.in. o skargę na odwołanie przez premiera wójta i powołanie komisarza. Ma być rozpatrzona w ciągu 30 dni. Obecnie sąd administracyjny wyznacza termin nie później niż w ciągu 30 dni od dnia wpłynięcia skargi.