Międzynarodowy zespół naukowców przeanalizował 2922 próbki pobrane m.in. z powierzchni w metrze, szpitalach i bankach, a także z gleby, wód oraz ścieków. W rezultacie powstał atlas UPVAtlas, obejmujący 54 945 gatunków wirusów RNA. Aż 77 proc. z nich nie było wcześniej opisanych. Wyniki badania opublikowano w czasopiśmie „Nature Communications”.
Jak podkreślają autorzy, skala różnorodności wirusów obecnych w środowisku jest znacznie większa, niż dotychczas przypuszczano. Badanie nie ograniczało się bowiem do poszukiwania patogenów odpowiedzialnych za konkretne choroby, lecz obejmowało materiał genetyczny obecny w całych próbkach środowiskowych.
Czytaj więcej
Przypadki zakażeń śmiertelnym wirusem Nipah w Indiach postawiły kraje azjatyckie w stan najwyższej gotowości. By nie dopuścić do rozprzestrzeniania...
Wirusy znane z chorób i tysiące nieopisanych gatunków
Naukowcy skupili się na wirusach RNA, których materiał genetyczny jest zapisany w cząsteczkach RNA. Do tej grupy należą m.in. wirusy wywołujące dengę, zikę, grypę, żółtą febrę i COVID-19. Nie wszystkie jednak infekują ludzi ani wywołują choroby.
– Znaliśmy już szereg wirusów wywołujących choroby, jednak nie docenialiśmy różnorodności wirusów występujących w przyrodzie. Jeśli poszukujemy wirusa w kontekście konkretnej choroby, pomijamy wszystkie te wirusy, które nie wywołują chorób. Gdy natomiast analizujemy skład próbki bez takiego założenia, zyskujemy znacznie szerszy obraz – wyjaśnił Antônio Pedro Camargo z Uniwersytetu w São Paulo, jeden z autorów badania.
Do analizy wykorzystano metodę metatranskryptomiki, która pozwala jednocześnie sekwencjonować cząsteczki RNA obecne w próbce. Następnie narzędzie bioinformatyczne geNomad pomagało rozpoznawać sekwencje odpowiadające genomom wirusowym. Niektóre z nich różniły się tak bardzo od wcześniej opisanych, że badacze zaproponowali utworzenie nowych kategorii taksonomicznych. Na razie są to jednak wstępne ustalenia wymagające potwierdzenia dodatkowymi danymi.
Czytaj więcej
Jego pomysły były szalone - pisze we wpisie w serwisie Truth Social Donald Trump, który krytykuje dr Anthoniego Fauciego, byłego dyrektora amerykań...
Czy nowe wirusy mogą zagrażać ludziom?
Autorzy badania przestrzegają przed utożsamianiem odkrycia tysięcy nowych wirusów z pojawieniem się tysięcy nowych zagrożeń dla zdrowia. Potencjalnych gospodarzy udało się wskazać tylko dla około jednej trzeciej analizowanych sekwencji, a ponad połowa rozpoznanych w ten sposób wirusów atakuje bakterie.
Porównanie wyników z bazą danych VIRION pozwoliło zidentyfikować 60 wirusów o wysokim prawdopodobieństwie infekowania ludzi oraz 47 mogących zakażać inne ssaki. Spośród pierwszej grupy 19 wykryto w próbkach ze środowiska miejskiego, a 34 w materiałach pobranych od zwierząt.
Odkryto także 166 bakteriofagów, czyli wirusów atakujących bakterie. Część z nich może infekować szczepy należące do grupy ESKAPE, obejmującej ważne klinicznie drobnoustroje, w tym gronkowca złocistego. Zdaniem naukowców wyniki mogą pomóc w dalszych badaniach nad terapią fagową, wykorzystującą bakteriofagi do zwalczania patogenów.
Czytaj więcej
Wirus ptasiej grypy może wywołać pandemię gorszą od tej, wywołanej w 2020 roku przez koronawirus SARS-CoV-2, który powodował zachorowania na COVID-...
Analiza wykazała ponadto, że próbki z powierzchni w przestrzeni miejskiej cechowały się mniejszą różnorodnością wirusów niż materiały z naturalnych środowisk, takich jak gleba i osady. Wyjątkiem były ścieki, w których różnorodność należała do najwyższych. Może to potwierdzać ich przydatność w monitorowaniu środowiska.
Badacze zaznaczają, że obecny atlas pokazuje jedynie część rzeczywistej różnorodności wirusów. Krzywe akumulacji nie osiągnęły stabilizacji, co oznacza, że kolejne próbki prawdopodobnie pozwolą odkrywać następne nieznane gatunki.
