Berling ani przez chwilę nie przerwał tajnej współpracy z NKWD. W 1942 r. w porozumieniu z Sowietami zdezerterował. Po ewakuacji armii Andersa został zdegradowany i formalnie wydalony z wojska. 26 lipca 1943 r. polski sąd polowy zaocznie skazał go na karę śmierci za zdradę.
Jednak Berling był już pod pełną opieką Stalina. Po oficjalnym zerwaniu przez ZSRR stosunków dyplomatycznych z Polską w kwietniu 1943 r. sowiecki dyktator postawił go na czele nowych jednostek wojskowych złożonych z Polaków – w pełni podporządkowanych Kremlowi. Chodziło o to, aby „na czele armii stał nie tylko Polak, ale Polak, który jest oficerem Wojska Polskiego, a nie oficerem armii radzieckiej” – opowiadała później Wasilewska. Z przyczyn propagandowych lepszy byłby jakiś generał, ale takiego nie mieli do dyspozycji. Dlatego Stalin szybko zdecydował o mianowaniu Berlinga generałem-majorem, co przełożono na „polskiego” generała brygady. W takiej roli był użytecznym narzędziem w politycznej rozgrywce z Polską.
Tymczasem Berling uwierzył, że u boku Stalina czeka go wielka przyszłość. Nie ukrywał rozległych ambicji politycznych.
W lipcu 1944 r., tworząc marionetkowy Polski Komitet Wyzwolenia Narodowego, Stalin wyzna-czył Michała Rolę-Żymierskiego na „naczelnego dowódcę Wojska Polskiego” i na szefa resortu obrony narodowej PKWN. Berling został jedynie jego zastępcą. W gruncie rzeczy powinien już wówczas pozbyć się złudzeń.
1 października 1944 r. Berling został skierowany do Lublina. Tam wciąż pełnił obowiązki zastępcy naczelnego dowódcy „ludowego” WP i zastępcy szefa resortu obrony PKWN. Jesień 1944 r. to czas gwałtownego zaostrzenia walki z „reakcyjnymi” elementami w wojsku i w całym społeczeństwie. Na podstawie drakońskich dekretów PKWN pod różnymi zarzutami skazywano na śmierć m.in. żołnierzy wywodzących się z AK, uciekinierów od poboru itd. Po latach, w dobie rozliczeń w 1956 r., w upublicznionym liście do Gomułki Berling twierdził, że nie mógł się pogodzić z terrorem stosowanym przez NKWD i UB.
Jego postępowanie w 1944 r. niekoniecznie to potwierdza. Tylko w październiku i w listopadzie 1944 r. trafiły na biurko Berlinga co najmniej 23 orzeczenia kary śmierci za „przestępstwa polityczne”. Miał prawo zamienić je na kary więzienia. Wyroki na wszystkich osobiście zatwierdził Berling, który niespecjalnie kwapił się korzystać z prawa łaski. Uczynił to jedynie w trzech przypadkach.
W sowieckim mundurze
Dalszych morderstw sądowych już nie zatwierdzał, bowiem został wezwany do Moskwy. Było to wynikiem zabiegów najważniejszych wówczas ludzi Stalina w Polsce.
Bierut zaproponował mu funkcję szefa misji wojskowej w Moskwie. Był to pomysł obliczony na pozbycie się Berlinga z kraju. Komuniści chcieli to zrobić delikatnie. Ewidentnie ciążył im bagaż wcześniejszej gigantycznej propagandy lansującej nazwisko Berlinga. Ten odmówił. Chciał odzyskać realne wpływy polityczne. Mimo to 25 listopada KRN zatwierdziła nominację i nakazała mu stawić się w Moskwie 6 grudnia.
Berling nie zamierzał się do tego stosować. Wciąż uważał, że Bierut, Gomułka i Żymierski muszą się z nim liczyć. Sądził, że to on ma najważniejszy atut w ręku: bezpośrednie relacje ze Stalinem. Kompletnie nie rozumiał, że dla Kremla już był zgraną kartą. Zaczął zabiegać o osobiste spotkanie z sowieckim dyktatorem. Wysłał w tej sprawie depeszę. Umieścił tam kluczowy argument: „Błagam was, abyście ratowali Polskę dla Związku Radzieckiego z rąk bandy agentów międzynarodowego trockizmu”. Dlatego kiedy Nikołaj Bułganin (dotychczasowy faktyczny nadzorca PKWN) przekazał mu polecenie stawienia się w Moskwie – pojechał natychmiast.
Przybył tam już 27 listopada 1944 r. Rozczarował się. Progi Kremla były dla niego już za wysokie. O audiencji u Stalina mógł tylko marzyć. Bułganin bezceremonialnie nakazał mu pozostać w Moskwie.
Na początku grudnia 1944 r. w czasie „operatywki” dla przedstawicieli PKWN Stalin nie przebierał w słowach. Berlinga nazwał prowokatorem. Aby się od niego odciąć, już 15 grudnia PKWN uchwalił, że „generał Berling swoim postępowaniem ujawnił wrogie demokracji oblicze i postawił siebie poza nawiasem demokracji polskiej”. Rola-Żymierski, powołując się na jednego z sowieckich generałów, stwierdził, że Berling jest „proakowski”, co w środowisku PKWN-owskich dygnitarzy było zarówno obelgą, jak i „dowodem winy”. Gdyby ta informacja przeciekła do społeczeństwa, legenda „Berlinga patrioty” byłaby jeszcze mocniejsza.
Pielęgniarz mitu
Krzywdy mu jednak nie uczyniono. Jako sowiecki generał przymusowo został skierowany na studia w moskiewskiej Akademii Wojennej. Ukończył je w styczniu 1946 r. Chciał wracać, ale decyzje „góry” były inne. Żymierski osobiście interweniował, aby ambasada w Moskwie nie wydawała mu polskiej wizy.
Był tym wszystkim przygnębiony i stał się zgorzkniały. Nie pomogły nawet demonstracyjne okupowanie jednego z pokoi w ambasadzie i głodówka. Mimo to o jego poglądach we wrześniu 1946 r. informowano z Moskwy, że „wypowiada się zdecydowanie za blokiem demokratycznym, przeciw Mikołajczykowi i wtrącaniu się państw anglosaskich w nasze sprawy wewnętrzne”. W prywatnym liście do córki Feliksa Kona wyrażał troskę o słabość PPR i rządu, który musi się utrzymywać przy pomocy UB. „Przecież nie ma w Polsce partii, która by wytrzymała uderzenie burzy jak bolszewicka u Was. Polska partia to pozłotka na gównie – nic więcej”.
Do Polski pozwolono mu wrócić dopiero po wyborach w 1947 r., kiedy wszystkie role w stalinowskim państwie były już rozpisane. Czas jego wodzowskich ambicji minął. Posłusznie wkomponował się w struktury państwa. We wrześniu 1947 r. poprosił o przyjęcie do partii. „Uważam się za komunistę i przyszłą wielkość naszego kraju widzę w socjalizmie” – pisał do KC PPR.
Zgody odmówiono, ale skierowano go na wprawdzie niepierwszoplanowe, ale bezpieczne i wciąż wysokie stanowiska. Za Bieruta był m.in. komendantem Akademii Sztabu Generalnego (1948–1953). W 1953 r. przeszedł na wojskową emeryturę. Potem był wiceministrem kolejno: Państwowych Gospodarstw Rolnych, rolnictwa i – aż do 1970 r. – wiceministrem leśnictwa. Jednocześnie pełnił funkcję inspektora generalnego łowiectwa. W 1963 r. przyjęto go do PZPR i awansowano na generała broni. Zmarł latem 1980 r.
Sam dbał (chociażby we wspomnieniach) o podsycanie własnej legendy z 1944 r. W PRL był to temat niewygodny, ponieważ dotykał problemu stosunku ZSRR do Powstania. Paradoksalnie to jeszcze bardziej sprzyjało temu, aby mit przetrwał nie tylko w PRL, ale i dwudziestoleciu III RP.
