Jednym z powodów rezygnacji z wykonania zaplanowanych prac jest fakt, iż przyznanych środków jest za mało. Cena uwzględniona w programie unijnym został oszacowana w 2007 roku przez władze województwa. W zeszłym roku PKP PLK zrobiła własną wycenę, zgodnie z którą kolejowe połączenie lotniska z miastem ma kosztować 140,6 mln zł. Jak mówi Mirosław Siemieniec z PKP PLK, spółka nie może złożyć wniosku na taką kwotę bez zapewnienia pełnego sfinansowania inwestycji. — Kwota we wniosku nie może przekroczyć wcześniej deklarowanej o więcej niż 15 proc., tymczasem wartość rzeczywista jest większa aż o 153 proc. — wyjaśnia Siemieniec.
Wzrost kosztów jest związany m.in. z tym, że pierwsza wycena nie uwzględniała budowy wiaduktu, ronda oraz wydłużenia linii do Nowego Portu Lotniczego wraz z budową przystanku podziemnego.
Przeszkodą w rozpoczęciu inwestycji jest też stan prawny gruntów, na których miałyby być realizowane prace. Zgodnie z prawem nie może ich wykupić PKP PLK. To zadanie należy do władz samorządowych.
PLK zapewnia, że środki przeznaczone na transport kolejowy w RPO województwa dolnośląskiego nie przepadną. Można je przeznaczyć m.in. na rozszerzenie zakresu projektów rewitalizacji linii kolejowych: Kłodzko Miasto – Kudowa Zdrój oraz Jelenia Góra – Szklarska Poręba, które ujęte są w programie regionalnym jedynie częściowo.