Wydatki Fundusz Kolejowego w 2013 roku zamkną się kwotą 1,32 mld zł. Z tego największa kwota, bo aż 500 mln zł to środki przeznaczone na wykup przez Skarb Państwa akcji PKP PLK od PKP SA. Skarb Państwa akcje spółki zajmującej się budowa i utrzymaniem torów wykupuje już od kilku lat dzięki wsparciu Funduszu Kolejowego. Już jest właścicielem pakietu ponad 50 proc. papierów.
Nowelizacja wydatków Funduszu Kolejowego przyznała PKP PLK o 2,6 mln zł więcej na przygotowanie i przebudowę linii kolejowych, łącznie na ten cel w 2013 roku z FK zostanie wydanych 267,9 mln zł. O prawie 82 mln zł do ok. 340 mln zł wzrosła kwota przeznaczona na remonty i utrzymanie linii kolejowych. O kolejne 5 mln zł zwiększyła się pula przeznaczona na wydatki bieżące PKP PLK związane z utrzymaniem infrastruktury kolejowej, w tym roku ma ona wynieść 65 mln zł.
Z Funduszu Kolejowego w 2013 roku zostanie wydanych 12 mln zł na przygotowanie i przebudowę i budowę linii kolejowych przez PKP SKM w Trójmieście i kolejne 136,6 mln zł na finasnwoanie lub współfinansowanie prze samorządy zakupu, modernizacji i napraw pojazdów kolejowych przeznaczonych do przewozów pasażerskich.