Dyrektywy te dotyczą obszarów, które włączono do Natury 2000 - ogólnoeuropejskiej sieci chronionych obszarów, z powodu występowania  na nich ważnych dla UE gatunków i formacji roślinnych i siedlisk zwierząt.

Sieć Natura 2000 podlega szczegółowym przepisom, wedle których działania związane z gospodarką leśną, w tym np. pozyskiwanie drewna na takim terenie, przed wydaniem na nie zgody muszą być poddane ocenie pod kątem ich wpływu na obszar Natura 2000.

Komisja Europejska zarzuca Polsce, że co prawda  przeprowadzane są oceny planów urządzenia lasu, ale polskie prawo nie zapewnia  dostępu do wymiaru sprawiedliwości w odniesieniu do tych planów. A ponieważ mogą one mieć istotny wpływ na obszary Natura 2000, społeczeństwo nie ma zagwarantowanej  skutecznej ochrony sądowej.

Ponadto Polska w 2016 roku wyłączyła gospodarkę leśną z przestrzegania obowiązku ścisłej ochrony gatunków, co nakazują dyrektywy ptasia i siedliskowa, na co system ochrony nie zezwala.

Wezwanie do poprawienia przepisów Polska otrzymała jeszcze w lipcu 2018, a dokładnie po roku - uzasadnioną opinię.

 Polska zgodziła się "rozważyć zmianę swojego prawodawstwa", ale do tej pory żadne zmiany nie nastąpiły.