Jak na razie Emirates normalnie wykonują rejsy z Dubaju do dwóch nigeryjskich miast — Lagos i Abudży.
Incydent, w którym nigeryjska pasażerka Promise Mekwuyne nie została wpuszczona na pokład samolotu Emirates miał miejsce 12 lat temu. Mekwuyne kupiła wtedy z siedmiomiesięcznym wyprzedzeniem w Emirates bilet na podróż z Lagos do Dallas z przesiadką w Dubaju za 2067 dolarów. Do USA poleciała bez żadnych problemów, ale kiedy 17 grudnia 2007 chciała wrócić do kraju i potwierdziła swoją podróż trzykrotnie, Emirates — jak twierdzi pasażerka— nie podając żadnego powodu, odmówiły jej wejścia na pokład. Ostatecznie Promise Mekwuyne kupiła bilet na rejs American Airlines za ponad 3 tys. dolarów i z przesiadką w Londynie doleciała do Lagos dwa dni później.
Natychmiast po powrocie do Nigerii Mekwuyne zaskarżyła dubajską linię do sądu i domagała się odszkodowania za straty finansowe i moralne. Nigeryjski sąd już w listopadzie 2010 przyznał rację obywatelce swojego kraju uznając, że Emirates odmawiając jej wstępu na okład, złamały umowę cywilno-prawną, jaką jest kupno biletu. Dubajska linia kilkakrotnie odwołała się od tego wyroku, ale ostatecznie kilka dni temu zapadł ostateczny wyrok i Dubajczycy mają zapłacić Mekwuyne 22331 dolarów plus koszty sądowe. Jeśli tego nie zrobią, każda maszyna Emirates, jaka wykonuje rejsy na trasie Lagos - Dubaj, bądź Dubaj - Abudża ma zostać zatrzymana. Emirates lata na tej trasie boeingami 777. Teraz Dubajczycy mają do wyboru albo zrezygnować z dochodowej trasy Lagos - Dubaj, albo zapłacić. W każdym razie Nigeryjczycy twardo ostrzegają, że każda maszyna Emirates zostanie unieruchomiona na płycie lotniska w Lagos, a do kosztów związanych z wypłaceniem odszkodowania dołączą kolejne – za utrzymanie maszyny i wszystkie inne związane z uziemieniem. Jeśli natomiast w ciągu 30 dni Emirates pieniędzy nie wypłaci, maszyna będzie zlicytowana.
Sprawa jest rozwojowa, bo samolot Emirates z Dubaju do Lagos EK 781 wylądował 4 grudnia w stolicy Nigerii o godzinie 8.50 czasu miejscowego, 15 minut wcześniej niż przewiduje rozkład. Rejs EK784 z Lagos do Dubaju zaplanowany na godz. 13 wyleciał z 15-minutowym opóźnieniem.
Linie Emirates latają również do drugiego nigeryjskiego miasta Abudży.
