Muzeum działało w piwnicach budynku Służb Kontrwywiadu Wojskowego przy ul. Chałubińskiego 3 (róg Oczki). Po drugiej wojnie światowej mieścił się tu areszt śledczy Głównego Zarządu Informacji.

Od końca 2006 r. piwnice strzeżonego budynku mogli odwiedzać tylko harcerze, pracownicy naukowi, studenci uczelni wojskowych, kombatanci. Od września muzeum było otwarte dla wszystkich chętnych. Jednak, by zejść do piwnic, trzeba było się wcześniej skontaktować telefonicznie z przewodnikiem. Tylko on mógł pokazać karcer, cele, sale przesłuchań.

– Tutaj zamęczono wielu polskich oficerów, żołnierzy, członków organizacji niepodległościowych – mówi Grzegorz Kubaszewski, który oprowadzał po muzeum.

W grudniu muzeum przestało działać ze względu na prace remontowe. Do dziś jest zamknięte. – Ludzie do mnie dzwonią, a ja nie wiem, kiedy będą mogli wejść do piwnic. Może nigdy? – zastanawia się Kubaszewski. Okazuje się, że czasowe zamknięcie piwnic dla zwiedzających nie jest tylko spowodowane remontem. Problemem okazali się też zwiedzający. – Sale z ekspozycji nie są wyodrębnione od całego budynku, więc przez nasze korytarze przechodzą osoby z zewnątrz – wyjaśnia płk Jarosław Kanarek ze Służb Kontrwywiadu Wojskowego. – W takiej sytuacji istnieje nawet zagrożenie terrorystyczne. A tutaj bardzo ważne są kwestie bezpieczeństwa.

Zdaniem przewodnika ekspozycja powinna pozostać w tym budynku. – Nie wyobrażam sobie zmiany lokalizacji muzeum. Przecież piwnic nie da się przenieść. Wystarczy zrobić osobne wejście od ulicy Oczki. – podpowiada Kubaszewski.