Szojgu urodził się 21 maja 1955 roku w Tuwińskiej Autonomicznej Socjalistycznej Republice Radzieckiej.
Z wykształcenia jest inżynierem lądowym. Doktoryzował się z Ekonomii.
W latach 1991-1994 stał na czele Państwowej Komisji ds. Obrony Cywilnej, Sytuacji Nadzwyczajnych i Usuwania Skutków Klęsk Żywiołowych.
Od 1994 do 2012 roku stał na czele ministerstwa ds. sytuacji nadzwyczajnych.
Od 11 maja do 6 listopada 2012 roku był gubernatorem regionu moskiewskiego.