Zajmował je od zaledwie 16 miesięcy, ale krytykowany był właściwie od początku. Także przez współpracowników. Starł się z dyrektorem CIA Leonem Panettą, bo chciał mieć wpływ na wysyłanie szpiegów za granicę. Panetta rozesłał pismo do kluczowych osób w CIA, żądając od nich, by nie zwracały uwagi na dyrektywy Blaira. Blair kłócił się też z szefem kontrwywiadu Johnem Brennanem.
Jest też obwiniany za liczne niepowodzenia amerykańskich służb specjalnych w minionych miesiącach. 6 listopada 2009 r. doszło do strzelaniny w ważnej bazie wojskowej Fort Hood w Teksasie. Zaatakował wojskowy psychiatra związany z islamskimi radykałami, mjr Nidal Hassan. W efekcie zabitych zostało kilkanaście osób. Agencjom wywiadu nie udało się zapobiec tej tragedii.
Z kolei 25 grudnia 2009 r. doszło do – nieudanej na szczęście – próby wysadzenia w powietrze samolotu pasażerskiego amerykańskich linii Northwest przez współpracownika al Kaidy Umara Faruka Abdulmutallaba. Senacka Komisja ds. Wywiadu opublikowała raport w sprawie próby wysadzeniaw powietrze samolotu. Jest miażdżący dla służb specjalnych: nie udało im się powiązać ze sobą różnych informacji, przez co Abdulmutallab miał amerykańską wizę i nie znalazł się na liście osób objętych zakazem lotów.
Na początku maja tylko błąd zamachowca sprawił, że nie doszło do eksplozji bomby na Times Square w Nowym Jorku. Jak pisał „The New York Times”, Blair w ostatnich dniach kilkakrotnie rozmawiał z prezydentem USA Barackiem Obamą. W czwartek Obama zażądał złożenia rezygnacji i Blair to uczynił. Wydał oświadczenie, w którym zapowiedział odejście z dniem 28 maja, i stwierdził, że kierowanie „niezwykle utalentowanymi i patriotycznie nastawionymi” pracownikami wywiadu było dlań wielką przyjemnością i zaszczytem. Z kolei prezydent podziękował mu za wspaniałą służbę dla USA.
Blair służył wcześniej 34 lata w marynarce wojennej, z której odszedł na emeryturę. Krytykowany był jeszcze jako admirał – w 1999 r., gdy dowodził siłami USA na Pacyfiku, polecono mu, by nakłonił indonezyjskiego generała Wiranto do likwidacji proindonezyjskiej milicji na Timorze Wschodnim. Działania Blaira ograniczyły się jednak do zaproszenia Wiranto na wczasy na Hawajach – a ataki milicji na Timorze tylko się nasiliły.
