Siemoniak skomentował w RMF FM wypowiedzi gen. Skrzypczaka w najnowszej "Polityce". Generał powiedział m.in. że służby wymknęły się spod kontroli, a praca SKW, która zarzuciła Skrzypczakowi korupcję i lobbing, "nie jest nakierowana na ochronę systemu, lecz wręcz przeciwnie". Zarzucał też jej przemyt alkoholu z Bałkanów poprzez pocztę dyplomatyczną a także działania lobbystyczne. Siemoniak nie zgodził się z opinią Skrzypczaka.
- To są jego oceny. Nie sądzę, żeby było tak, że służby wymknęły się spod kontroli. Żadna instytucja nie jest wolna od jakiejś tam patologii - ważne, żeby była zwalczona. Ale przecież to, o czym jest mowa w wywiadzie, nie dotyczy głównych obszarów działalności Służby Kontrwywiadu Wojskowego - powiedział minister, dodając że wrześniowe odwołanie szefa służby gen. Noska i powołanie jako pełniącego obowiązki ppłk Piotra Pytla dobrze zadziałało na SKW. - Wczoraj do Sejmu poszedł wniosek o opinię na temat tego, żeby Pytel objął obowiązki już nie tymczasowo, a na dobre. Myślę, że ta służba jest na jak najlepszej drodze, żeby lepiej wykonywać swoje zadania - stwierdził.
Minister jednocześnie odrzucił również zarzuty - formułowane przez posła PiS Tomasza Kaczmarka - wobec nowego szefa SKW o związki z rosyjskimi tajnymi służbami.
- Myślę, że słuchacze powinni mieć tutaj w takich sprawach do nas elementarne zaufanie, że gdyby były takie wątpliwości, to nigdy by taka osoba nie objęła kierownictwa służby specjalnej - powiedział Siemoniak.
Szef resortu obrony bronił również zdymisjonowanego wiceministra Skrzypczaka. Siemoniak uważa, że choć kontakty generała z lobbystami były błędem, to "nie mają związku z tym, co on robił i nie przynosiły żadnych efektów w obszarach modernizacji wojska, którymi się zajmował". Bilans jego pracy ocenił bardzo pozytywnie, a jego odejście uważa za honorowe.