Jedną z najbardziej imponujących sal z łukowymi polichromowanymi sklepieniami zajmuje kolekcja Rudolfa II (1552–1612), który przeniósł stolicę z Wiednia do Pragi. Nie był dobrym politykiem, za to zasłynął jako pasjonat wiedzy tajemnej oraz sztuki. Za jego panowania praskie Hradczany stały się oazą alchemików, kabalistów i astrologów (władca konsultował z nimi wszystkie decyzje), ale także naukowców i artystów. W Złotej Uliczce u podnóża zamku w Pradze mieszkali alchemicy, którzy pracowali nad uzyskaniem kamienia filozoficznego. Eksperymenty nadzorował sam cesarz.
W Kunstkamerze wokół jego popiersia stoją cuda rzemiosła i ówczesnej techniki – automaty, którymi władca zabawiał swych gości. Jednym z nich jest trójmasztowiec z pozłacanego srebra, dzieło z 1585 roku Hansa Schlottheima z Augsburga. Na jego pokładzie umieszczono figurki trębaczy i doboszy w mundurach, w otwartej kabinie siedzi sam cesarz. Maszty zdobią malowane sceny mitologiczne. W kadłubie kryją się mechanizmy, dzięki którym złoty okręt poruszał się po stole i rozbrzmiewał muzyką. Pierwsza melodia była znakiem, że cesarz przejmuje ster, druga, że rusza w morze, czemu towarzyszyła także salwa armatnia. Tego typu dekoracja głosiła chwałę władcy, jego siłę, podboje i odkrycia.
Zegar, przedstawiający Dianę towarzyszącą polującemu Centaurowi, był towarzyską atrakcją. Gdy Centaur napinał łuk i wypuszczał złotą strzałę, goście cesarza wznosili toasty.
W labiryncie wystawowych sal najtrudniej znaleźć słynną Salierę, czyli XVI-wieczną solniczkę, Benvenuto Celliniego (jedyne zachowane arcydzieło włoskiego złotnika), chociaż jest znakiem wystawy, prezentowanym na plakatach. Każdy też pamięta o jej zuchwałej kradzieży w 2003 roku dokonanej przez pracownika systemów alarmowych podczas remontu muzeum. I o jej odzyskaniu trzy lata później (była zakopana w ołowianym pojemniku w lesie).
5-kilogramową solniczkę (26 x 33,5 cm) ze złota zdobią figury Posejdona, władcy morza, i Demeter, bogini Ziemi, co symbolicznie podpowiada, że sól tworzy się na styku morza i lądu. Na wystawie przeplatają się wątki chronologiczne, stylistyczne (średniowiecze, renesans, barok, klasycyzm) oraz biograficzne, bo każdy z władców kolekcjonerów ma swój portret. Centrum średniowiecznej części ekspozycji zajmuje Piękna Madonna z Czeskiego Krumlowa – rzeźba z piaskowca z końca XIV wieku. Nikt też nie przechodzi obojętnie obok alegorii Przemijania. Wyrzeźbione w jednym kawałku drewna trzy figury ukazują z drastyczną dosłownością spustoszenia czynione przez czas. Ciała młodej dziewczyny i mężczyzny są nieskazitelnie piękne, ale kryjąca się za nimi przerażająca starucha dawno utraciła powaby młodości.
W świat idealny pozwala wrócić wczesnorenesansowy subtelny marmurowy portret, dzieło Francesco Laurany, przedstawiający Laurę, ukochaną Petrarki. A zmysły rozbudza zaskakująca „czarnoskóra" Wenus Felix o złotych włosach. Ta XV-wieczna figura z brązu Piera Jacopo Alari-Bonacolsiego, zwanego Antico, ma jednak rysy greckie i nawiązuje do sztuki antycznej. W Kunstkamerze sąsiaduje z wizerunkiem arystokratki Isabelli d'Este Tycjana, bo rzeźba powstała w Mantui, w czasach jej panowania na tamtejszym dworze.
