W tym Oddziale Muzeum Narodowego zgromadzono wspaniałe skarby, przede wszystkim sztuki średniowiecznej i renesansowej, ale także późniejszych epok. Wnętrza też przykuwają uwagę polichromiami z różnych epok, średniowiecznymi i renesansowymi oknami, autentycznymi belkami stropu, pięknymi detalami architektonicznymi.
W Galerii Sztuki Dawnej Polski. XII-XVIII wiek można zobaczyć trzysta dzieł, wybranych ze znakomitej kolekcji sztuki staropolskiej MNK, liczącej około dwa tysiące obiektów. Są wśród nich prawdziwe perły, jak piękna Madonna z Krużlowej, rzeźba Wita Stwosza Chrystus w Ogrójcu, czy najstarsze polskie epitafium wykonane dla Wierzbięty z Branic, stolnika krakowskiego i starosty sanockiego.
Madonna z Krużlowej jest jednym z najwybitniejszych przykładów tzw. stylu pięknego w gotyku międzynarodowym około roku 1400. Figura Marii z Dzieciątkiem została wycięta w drewnie lipowym i polichromowana. Szaty Madonny ozdabia bogactwo draperii. Twarze matki i syna opromienia delikatny uśmiech. Tchnąca liryzmem kompozycja zdradza rękę mistrza, choć nie znamy jego imienia.
Z kolei galeria Sztuka Cerkiewna Dawnej Rzeczypospolitej - jedna z najstarszych i najcenniejszych w Europie Środkowej kolekcji - obejmuje trzysta wybranych dzieł, pochodzących z południowo-wschodnich terenów przygranicznych dawnej Rzeczypospolitej. Główną częścią zbioru są XV-XVI-wieczne ikony z Karpat, zwane zachodnioruskimi. Aranżacja ekspozycji, dzięki wykorzystaniu ikonostasu z Lipowca na Kijowszczyźnie, upodabnia tę przestrzeń do cerkiewnego wnętrza.
W piwnicach Pałacu znajduje się ekspozycja „Kraków na wyciągnięcie ręki. Rzeźba architektoniczna ze zbiorów MNK". Obejmuje ona osiemset fragmentów najcenniejszych rzeźb z całej Polski, m.in. pochodzących z kościoła Mariackiego, katedry krakowskiej i katedry gnieźnieńskiej. Są to wykonane z kamienia elementy oryginalne lub gipsowe odlewy rzeźb z portali, zworników, nagrobków królewskich.
