Zygmunt Stępiński, od 2012 roku zastępca dyrektora POLIN, od 2014 - prof. Dariusza Stoli i jego bliski wspolpracownik, kilka dni temu został powołany na stanowisko szefa placówki przez Piotra Glińskiego, ministra kultury.
Choć konkurs na to dyrektora wygrał prof. Stola, Gliński od momentu ogłoszenia wyników konkursu - w maju 2019 roku - nie powoływał go na to stanowisko.
Choć nigdy nie wytłumaczył powodów zwłoki, nieoficjalnie ma nim być konflikt między Ministrem Kultury i Dziedzictwa Narodowego a Miastem Warszawa i Stowarzyszeniem Żydowski Instytut Historyczny.
Ponadto szef resortu kultury zarzucał prof. Stoli uprawianie w muzeum działalności politycznej niezgodnej z jego statutem, a w szczególności "odmowę przeprowadzenia w Muzeum POLIN konferencji międzynarodowej poświęconej sprawom polityki polsko-izraelskiej, której współtwórcą był Lech Kaczyński".
Ostatecznie po miesiącach chaosu wokół muzeum POLIN strony konfliktu porozumiały się i zgodziły, by placówkę kierował dotychczasowy zastępca prof. Stoli, który pełnił obowiązki dyrektora, gdy minister Gliński nie powoływał na to stanowisko zwycięzcy konkursu.
