Sprawa dotyczy żołnierza zawodowego, który w latach 2005-2008 służył poza granicami kraju. Pobierał uposażenie w złotych oraz należność zagraniczną w euro. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie, którego obywatel spytał, czy należność w euro podlega opodatkowaniu, wydał niekorzystną dla niego indywidualną interpretację prawa podatkowego. Obywatel zastosował się do niej i uiścił należny podatek dochodowy od osób fizycznych za lata 2005, 2006 i 2007.
Czytaj także: Nadpłacony podatek od nieruchomości jest przychodem
Po ponad 5 latach Minister Finansów zmienił z urzędu te interpretację indywidualną, stwierdzając, że była ona nieprawidłowa. Doręczono ją obywatelowi w styczniu 2014 r. Wtedy zwrócił się on do urzędu skarbowego o stwierdzenie nadpłaty podatku za trzy lata. Urząd odmówił jednak wszczęcia postępowania podatkowego. Uzasadnił, że prawo do żądania stwierdzenia nadpłaty ograniczone jest terminem przedawnienia zobowiązania podatkowego – następuje to po 5 latach licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Urząd skarbowy uznał również, że nie ma znaczenia przyczyna spóźnionego złożenia wniosku. Decyzję utrzymała Izba Skarbowa.
Podatnik odwołał się do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gorzowie Wlkp. Oddalił on jego skargi, wskazując, że zmiana interpretacji indywidualnej przez Ministra Finansów nie może wyłączać art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej, określającego termin do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Według WSA realizacja przyjętej w art. 14k Ordynacji podatkowej zasady nieszkodzenia - oznaczającej, że podmiot, który zastosował się do interpretacji nie może ponosić w związku z tym negatywnych konsekwencji - jest ograniczona regułami Ordynacji podatkowej.
Po analizie sprawy RPO złożył do NSA skargi kasacyjne, kierując się zasadą słuszności. Rzecznik ocenił, że podatnika pozbawiono ochrony prawnej w związku z zastosowaniem się przez niego do interpretacji, która następnie została zmieniona. Złożenie wniosków o nadpłatę już po upływie terminu przedawnienia nastąpiło zaś bez winy podatnika. Było to bowiem konsekwencją zmiany interpretacji dokonanej przez Ministra Finansów - po upływie terminu do złożenia tego wniosku. RPO podkreślał, że podatnik działał w zaufaniu do organów podatkowych, mimo to doznał negatywnych skutków postępowania, które spowodowało uszczerbek w jego majątku.
