Tym razem gracze przenoszą się w odległą przeszłość. Właśnie się skończyła I wojna światowa. Żołnierze korpusu czechosłowackiego walczącego w rosyjskiej wojnie domowej zaczynają tracić motywację. Chcą wrócić do domu, do dopiero co odzyskanego kraju. Sęk w tym, że dzieli ich od niego 9 tys. km trudnego terenu. Niemal cała Syberia i jeszcze trochę. Tytuł zdradza, że podróż tę odbędą koleją.
Gra podzielona jest na rozdziały i misje poprzedzone fabularnym prologiem wyjaśniającym sytuację na froncie. Po jego wysłuchaniu gracz przejmuje kontrolę nad pociągiem i stara się wykonać zadanie. „Last Train Home” jest bowiem strategią czasu rzeczywistego, która z jednej strony wymusza ciągłą rozbudowę pociągu, ocieplanie prycz i wzmacnianie konstrukcji wagonów, z drugiej powierza grającemu dobór ludzi do misji i jej przeprowadzenie. A w terenie, jak łatwo się domyślić, do czego innego przydają się grenadierzy czy szturmowcy, a do czego innego zwiadowcy i medycy.