SS-Sonderkommando Sobibor wzniesiono na słabo zaludnionych i gęsto zalesionych obrzeżach Lubelszczyzny, aby ukryć jego makabryczne przeznaczenie. Złożony był z pięciu części: tzw. przedobóz ( Vorlager) mieścił rampę wyładunkową i kwatery członków załogi; Lager (obóz) I obejmował baraki dla więźniów i warsztaty; Lager II – tu ulokowano plac przyjęć transportów, sortownie i magazyny zagrabionego mienia oraz inne obiekty gospodarcze; Lager III stanowił strefę śmierci z komorami gazowymi i dołami do grzebania ciał pomordowanych. Z czasem zaczęto budować Lager IV (obóz północny), gdzie zamierzano segregować zdobyczną broń. Cały teren i poszczególne sekcje otoczono drutem kolczastym z wplecionymi dla kamuflażu gałęziami oraz częściowo na zewnątrz zaminowano. Służbę w obozie pełniło 20–30 esesmanów (Austriacy i Niemcy), a także około 120 wachmanów (byli sowieccy jeńcy szkoleni w obozie w Trawnikach).