Równocześnie ustawa zniosła ograniczenie liczby dyżurów (do końca ubiegłego roku były dwa tygodniowo i osiem miesięcznie). Teraz są one gratyfikowane na zasadach określonych w kodeksie pracy. Za taki dyżur lekarz otrzymuje wynagrodzenie według stawek za godziny nadliczbowe (więcej w artykule [link=http://www.rp.pl/artykul/88661.html]"Lekarz może mieć więcej godzin roboczych, niż to wynika z jego etatu"[/link]).
Przy pełnieniu dyżuru pracodawcom wolno planować pracę przekraczającą 37 godzin 55 minut na tydzień w przyjętym okresie rozliczeniowym. I na to nie potrzeba zgody lekarza, byleby dodatkowe zajęcia nie przekroczyły przeciętnie 48 godzin na tydzień.
Przed końcem ubiegłego roku (20 grudnia) resort zdrowia rozwiał podstawową wątpliwość pracodawców związaną z dobowym odpoczynkiem i dobowym wymiarem czasu pracy z dyżurem. Uznał, że pracownikowi pełniącemu dyżur medyczny 11 godzin odpoczynku dobowego należy udzielić bezpośrednio po zakończeniu pełnienia dyżuru medycznego. Zatem pełniący dyżur medyczny do 24 godzin odpoczynek dobowy wykorzysta po dyżurze. Wolno też zobowiązać pracownika, aby dyżurował bezpośrednio po zakończeniu 7 godzin 35 minut wynikających ze swojego etatu lub po 12 godzinach przy równoważnym systemie czasu pracy. Jednak łączny czas pracy obejmujący czas dyżuru nie może wykraczać poza dobę pracowniczą, a więc nie może być dłuższy niż 24 godziny. Również w tym wypadku w następnej dobie bezpośrednio po zakończeniu pełnienia dyżuru pracownikowi należy udzielić 11-godzinnego odpoczynku wyrównawczego.
Tym samym resort przychylił się do stanowiska Państwowej Inspekcji Pracy. W piśmie z 27 listopada 2007 r. (GNP-302-4560-527/07/PE) PIP przyznała co prawda, że art. 32 jb ust. 1 ustawy o ZOZ gwarantuje pracownikowi w każdej dobie prawo do co najmniej 11 godzin nieprzerwanego odpoczynku, ale powołała się też na art. 32jb ust. 2. Ten przepis mówi, że u pracowników pełniących dyżur medyczny 11-godzinny okres odpoczynku dobowego, który przypada w dobie pracowniczej, powinien być udzielony bezpośrednio po zakończeniu pełnienia dyżuru. Zatem cały czas pracy lekarza musi się zamknąć w dobie pracowniczej (24 godziny liczone od rozpoczęcia pracy w poprzednim dniu, np. od 8 do 8). Dyżur nie może więc przekraczać 24 godzin.
PIP uważa też, że regulacja ustawowa zmienia sposób udzielania odpoczynku przewidziany w art. 1515 § 2 k.p. dotyczącym dyżuru. Jest przepisem szczególnym i tym samym wyłącza zasady kodeksowe.
Tymczasem prof. Krzysztof Rączka z Uniwersytetu Warszawskiego uważa, że pracownikowi trzeba zapewnić 11 godzin odpoczynku w każdej dobie. Wynika to z art. 32jb ust. 1 ustawy o ZOZ. Według niego, niezależnie od przyjętego systemu czasu pracy, dobowy wymiar czasu pracy wraz z wliczanym do niego dyżurem w każdej dobie nie może przekraczać 13 godzin. U lekarza zatrudnionego przez 7 godzin 35 minut na dobę dyżur nie potrwa więc dłużej niż 5 godzin 25 minut, a u pracującego 12 godzin – tylko jedną godzinę.