5 grudnia dopłynął na Haiti, które wówczas nazwano Hispaniolą. Istniało tu kilka związków plemiennych, miejscowi wspominali o złocie uzyskiwanym w górach w głębi lądu. Wyspa stanie się więc na długie dziesięciolecia głównym ośrodkiem kolonizacji hiszpańskiej.
25 grudnia „Santa Maria” wpada na rafy w okolicznościach dosyć tajemniczych, albowiem pobliskie wody zostały wcześniej dokładnie oznaczone. W momencie katastrofy za sterem siedział całkowicie niedoświadczony chłopiec okrętowy, a wachtowi posnęli. Znów pojawiły się podejrzenia o sabotaż. Kolumbowi został tylko jeden statek, gdyż „Pinta” zgubiła się kilka tygodni wcześniej.
Załogę i ładunek „Santa Marii” przetransportowano za pomocą indiańskich łódek na brzeg, tworząc prowizoryczną osadę Navidad, pierwsze stałe osiedle białych na Karaibach. Kolumb, twierdząc, iż główny cel wyprawy został osiągnięty, podejmuje decyzję o powrocie do Kastylii. 6 stycznia pojawiła się zagubiona „Pinta”, a 16 stycznia dwie karawele pomknęły już przez Atlantyk na wschód. Tym razem Kolumb wybrał trasę północną, wykorzystując prąd zatokowy Golfsztrom.
Powrót okazał się koszmarem. 11 lutego statki wpadły w silną burzę. Zima 1493 r. była jedną z najsroższych w tamtych czasach. Ciepłe włoskie porty były skute lodem, na morzach potonęła niespotykana ilość statków. „Nina” i „Pinta” płynęły przez rejon krzyżowania się kilku frontów, sternicy dokonywali cudów, lawirując pomiędzy bałwanami nacierającymi z różnych kierunków.
Na „Ninie” pozrywało żagle. W nocy 13/14 lutego „Pinta” zniknęła gdzieś w strugach deszczu. Jakby tego było mało, doszło do scysji pomiędzy Kolumbem a oficerami. Twierdzili oni, iż flotylla dotarła już w okolice Madery, i trzeba skręcić bardzo na północ. Rację miał jednak Kolumb, wskazując, iż statki nie dotarły jeszcze nawet w okolice Azorów.
18 lutego sztorm osłabł, na horyzoncie ukazały się Azory, żeglarze mogli pozwolić sobie na kilka godzin snu. Portugalczycy próbowali aresztować załogę „Niny”. Udało się jednak wynegocjować opuszczenie archipelagu. 5 marca znów po straszliwych burzach, będąc w zasadzie wrakiem, karawela dopłynęła do Lizbony.
Rada królewska namówiła Jana II do zamordowania Kolumba i całej załogi – pomysł spóźniony, albowiem wiadomość o odkryciu jakichś lądów na zachodzie z pewnością dotarła już do Sewilli przez rezydujących w Lizbonie hiszpańskich szpiegów. Jan II, robiąc dobrą minę do złej gry, podjął zatem starego znajomego na audiencji. 15 marca 1493 r. „Nina” oraz cudem odnaleziona „Pinta” wpłynęły ostatecznie do kastylijskiego Palos.
Spory z koroną i drugi rejs
Uroczystości, zaszczyty, jakimi obsypano Kolumba po powrocie, to jedna strona medalu. Już na wiosnę – wbrew umowie z 1492 r. – powołany został osobny urząd do spraw kolonizacji „Indii”. Nowo odkrytymi ziemiami korona nie będzie się dzielić nawet z nieustraszonymi żeglarzami wyświadczającymi jej tak wielkie przysługi.
Kolumbowi nie wystarczył zaś tytuł szlachecki i perspektywa dostatniego życia dla potomków. Rościł sobie prawa do rozporządzania dobrami Nowego Świata, odpowiadając jedynie przed monarchami. Pisał, iż jest osobą wybitniejszą od Ferdynanda i Izabeli, odnajdywał siebie w proroctwach biblijnych. Badacze określali go potem jako „bezinteresownego chciwca”. W Hiszpanii nie było jednak kapitana, który mógłby się z Kolumbem równać. Monarchowie dalej mamią więc genueńczyka, zlecają kolejne wyprawy. Admirał ma wielkie ego, ale jest również naiwny.
Druga wyprawa Kolumba, w sile pięciu karak i 15 karawel ruszyła do Nowego Świata 25 września 1493 r. Doprowadziła do odkrycia Małych Antyli (3 listopada) i Jamajki (5marca 1494 r.). Późniejsi badacze zwracają uwagę na mistrzostwo, z jakim Kolumb przeprowadził okręty przez rafy i archipelagi Karaibów. Jednocześnie admirał podtrzymywał tezę o odkryciu wybrzeży Azji.
Zachodni kraniec Kuby uznał za Półwysep Malajski, skąd już blisko do Indii. Rozmyślał nawet, czy nie wylądować w pierwszym napotkanym porcie, by z jakąś karawaną dotrzeć do Palestyny! Nikt ze współczesnych nie śmiał tego kwestionować.
Pozostawieni w Navidad marynarze już w kilka dni po odpłynięciu Kolumba łupili pobliskie wioski w poszukiwaniu złota. Osada została w odwecie spalona, załoga wybita przez tubylców. Na Hispanioli doszło wkrótce do masowych mordów Indian i porywania ich w niewolę, gwałtów, polowania z psami, strzelania do żywych celów, palenia żywcem.
Kolumb nie był w stanie nad tym zapanować. Potępił mordy, jednak czując presję Izabeli i Ferdynanda musiał dostarczyć im złota. Było go za mało, nie widział więc nic złego w łapaniu niewolników. Zdecydowana większość Indian padła ofiarą chorób przyniesionych przez konkwistadorów. Sytuację pogorszyło jeszcze oddawanie tubylców hiszpańskim osadnikom, gorąco propagowane przez koronę.
Z ponad 100 tys. rdzennych mieszkańców Hispanioli po 30 latach zostało 16 tys. Praktykujący ludożerstwo mieszkańcy Małych Antyli traktowani byli jeszcze gorzej. 11 czerwca 1496 r. wyprawa powraca do Kadyksu.
Do Ameryki po raz trzeci i czwarty
Na początku 1497 roku w Portugalii planowano wyprawę, którą miał poprowadzić Vasco da Gama. Wzbudziło to nerwowość na hiszpańskim dworze i chęć dotarcia do Indii przed Portugalczykami. Kolumb wyruszył na czele sześciu statków w czerwcu 1497 r. W czasie rejsu doszło do jedynego morskiego starcia zbrojnego w czasie wypraw. W pobliżu Wysp Kanaryjskich pobici zostali francuscy piraci pływający na zrabowanym wcześniej kastylijskim statku.
31 lipca 1498 r. odkryty został Trynidad. Następnego dnia załogi dostrzegły na zachód od niego fragment lądu. Kolumb nie przywiązywał do tego większej wagi, myśląc, iż to kolejna wysepka. Był to jednak przylądek Bombeador, fragment Ameryki Południowej. Kilka dni potem odkryte zostało ujście Orinoko. Doprowadziło to Kolumba do mało naukowych wniosków. Ziemia nie jest wcale kulą. Ma kształt gruszki.
Wyprawa znajdowała się właśnie w owej mniejszej części, gdzie leży również wschodnie wybrzeże nieodległej już Azji. Piękno krajobrazu Wenezueli każe mu zaś stwierdzić, iż odkryto właśnie ziemski raj. Jest tu wszak płaskowyż, wypływają cztery rzeki (były to odnóża delty Orinoko).
Wyprawa nie zakończyło się rajsko. Najpierw pod hasłem „przepędzenia psa z siana” korona wysyłała z Kadyksu dwie wyprawy. Amerigo Vespucci i Vicente Pinzon odkryli dalsze części wybrzeża Ameryki Południowej. W 1500 r. w Santo Domingo na Hispanioli Kolumb został aresztowany przez wysłannika korony. Powodem samowola i nieumiejętność zaradzenia anarchii wśród konkwistadorów na Hispanioli. Po powrocie admirał został obłudnie uwolniony, przeproszony i ułaskawiony.
Schorowany Genueńczyk wyruszył na swoją ostatnią wyprawę w 1502 r. Znów pokazał kunszt żeglarski, wyczuwając huragan, w momencie gdy gubernator Hispanioli de Ovando wyprawił 19 statków ze złotem do Hiszpanii. Kolumb ostrzegał, nikt jednak nie chciał słuchać dobrych rad. Wszystkie statki poszły wkrótce na dno z wyjątkiem tego, który wiózł złoto należące do samego Kolumba. Oto kropla miodu za wszystkie upokorzenia, jakich doznał od korony i jej urzędników.
Pod koniec czerwca 1502 r. statki admirała dotarły do brzegów Hondurasu. Na brzegu pojawili się Indianie. Mieli więcej ozdób od wyspiarzy, w trakcie tłumaczonej rozmowy wskazywali na zachód, opisując kraj pełen złota. Mieli na myśli miasta Majów lub nawet potężne imperium Azteków.
Kolumb zignorował wskazówki. Był rozgoryczony, albowiem tubylcy nie przypominali Azjatów, a on wierzył wszak, że jest na wybrzeżu Złotego Chersonezu. 2 listopada dotarł do przesmyku panamskiego. Nie zdawał sobie sprawy, że jest tylko 100 kilometrów od Pacyfiku.
Zamiast kierować się na północ i na 15 lat przed Cortezem nawiązać kontakt z Aztekami, płynął dalej na południe. Nie spotkało go tam nic poza wrogimi Indianami, sztormami, chorobami i piekielną suszą. 25 listopada złożona z przeciekających statków flotylla dotarła na Jamajkę. Załogi były wyczerpane, część jednak, na zwykłych dłubankach, udała się przez pełne morze ku zbawczej Hispanioli. Po kilku tygodniach przybyła ratownicza karawela. Kolumb i jego brat dotarli do Kadyksu 7 listopada 1504 r.
Podbój Meksyku
W pierwszym dziesięcioleciu XVI w. konkwistadorzy, usadowieni mocno na Hispanioli i Kubie, poszerzyli swoje horyzonty. Część królewskich urzędników wchodziła wszak w skład załóg ostatnich wypraw Kolumba.
W 1513 r. w Darien, 1500 kilometrów od Jukatanu, założona została pierwsza, stała hiszpańska osada na amerykańskim lądzie. Statki zaczęły się kręcić wokół Jukatanu już w 1508 r. W 1517 – 1518 r. z Kuby wysłane zostały trzy ekspedycje, które nawiązały kontakt z Majami.
Azteccy władcy śródlądowego imperium Meksyku nie posiadali floty, pływali jedynie na małe odległości w prymitywnych łódkach. W 1512 r. dotarła na wybrzeże Meksyku dłubanka z kilkoma przerażonymi uciekinierami z Jamajki. Potem wyłowiono jeszcze kufer z tajemniczymi, nieznanymi ubraniami.
Ze wszystkich odkrywców Kolumba uznaje się za największego. Wszak ani da Gama czy nawet Magellan nie odkryli kontynentu, który byłby nieznany Europejczykom. Widoczne do dziś konsekwencje rejsów Kolumba nie mają sobie równych.
W 1518 r. na dworze Montezumy pewien chłop twierdził, iż na morzu widział „przemieszczające się wielkie wzgórza”. Inni opisywali „trzy białe świątynie na wielkich czółnach”. Mieszkańców ogarnęło wielkie zdziwienie, gdy u swych wybrzeży zobaczyli rozmiary 11 statków Hernana Corteza.
Zdobycie Tenochtitlan wiąże się z jedynym bojowym użyciem statków w walce z Indianami w trakcie podbojów. Poprzecinane licznymi kanałami Tenochtitlan leżało na wielkim jeziorze. Połączone było z lądem czterema groblami. Wiadomo było, że obrońcy je przerwą.
Cortez, przebywający w kraju sprzymierzonych z nim Tlaxcalan, kazał zbudować na początku 1521 r. 13 brygantyn – najwyżej 20-metrowych, płaskodennych okrętów. Mieściły 12 wioślarzy i posiadały jeden albo dwa maszty. Na dziobie umieszczano lekkie działo. Załogę bojową stanowiło 12 żołnierzy z kuszami i arkebuzami.
Do budowy statków wykorzystano takielunek i żagle z karak dwa lata wcześniej zatopionych przez Corteza na meksykańskim brzegu.
8000 tragarzy przeniosło gotowe elementy konstrukcyjne kilkadziesiąt kilometrów w pobliże jeziora do miasta Tetzcoco. Stamtąd poprowadzono kanał długości 2,5 kilometra, głęboki i szeroki na 4 metry. 28 kwietnia zwodowano łodzie w kanale i gotowe do boju puszczono na pełne jezioro. W czasie dwumiesięcznego oblężenia ostrzeliwały obrońców tłoczących się na groblach, taranowały flotylle azteckich piróg, przechwytywały zaopatrzenie, złapanych kurierów wieszając dla przykładu na rejach.
Tylko raz Aztecy zwabili je w trzciny, na płyciznę, pozorując ucieczkę. Dwa statki utknęły na wbitych w dno palach. 30 piróg otoczyło Hiszpanów, ale atakującym nie udało się zdobyć żadnego statku. Zginęło dwóch kapitanów hiszpańskich, wszyscy wioślarze, strzelcy odnieśli zaś rany. Tenochtitlan padło 13 sierpnia 1521 r.