Zanim jednak wzniesiono budynek, który podziwiać można współcześnie, włodarze miasta kilkakrotnie musieli zmieniać swoją siedzibę. Pierwsza została wybudowana niedaleko kościoła pod wezwaniem św. Małgorzaty w połowie XV w. Stosunkowo krótko pełniła swoją funkcję, bo gdy kościół św. Małgorzaty uzyskał rangę kolegiaty, w dawnym ratuszu urządzono dom dla wikariuszy. Nowa siedziba miejskich władz, usytuowana na placu targowym, w 1611 r. została zniszczona podczas katastrofalnego pożaru. Ratusz odbudowano, w latach 30. XIX w. był modernizowany, ale feralnego 17 kwietnia 1894 r. kolejny raz strawił go ogień. Wtedy właśnie rozpoczęto budowę ratusza, który istnieje do dziś.
Autorem projektu był architekt miejski Jan Peroś, pracami budowlanymi pokierował Karol Knaus. Po trzech latach ratusz stanął w centralnej części nowosądeckiego rynku.
Budowla ma charakter eklektyczny, skomponowana została z elementów neorenesansowych i neobarokowych. Najbardziej charakterystyczną częścią ratusza jest wieża zegarowa. Sam zegar wykonała około 1901 r. firma Ludwiga Hainza z Pragi. Przywilej nakręcania i opieki nad czasomierzem od pokoleń należy do rodziny Dobrzańskich. Z wieży roztacza się dziś najpiękniejszy widok na miasto.
Wewnątrz największe wrażenie robi sala reprezentacyjna na pierwszym piętrze. Zdobią ją malowidła wykonane w 1911 r. przez Franciszka Spitzmanna-Karwosieckiego i przedstawiającą ważne wydarzenia z historii Polski związane z Nowym Sączem. Na uwagę zasługują też piękne piece kaflowe i neorenesansowy strop kasetonowy.
Niedaleko ratusza znajduje się kolejny, bardzo cenny zabytek – XV-wieczny kościół pod wezwaniem św. Małgorzaty, jedna z najstarszych budowli sakralnych Nowego Sącza. Jej północna wieża należała pierwotnie do miasta i odgrywano z niej hejnał, południowa zaś pełniła funkcję dzwonnicy. W kościele znajduje się niezwykle cenny obraz, tzw. veraikon (chusta Weroniki) z XV w., pochodzący z dawnego klasztornego kościoła Franciszkanów.
