Pełen zestaw Sigillum składa się z karty kryptograficznej zawierającej certyfikaty z kluczami, czytnika kart i płyty CD z oprogramowaniem.
Do czytnika CD/DVD wkładamy płytę CD Sigillum, a następnie szukamy foldera „Sigillum Sign Pro 2.0”, podfoldera „Instalator” i pliku „Sigillum Sign Pro.exe”. Po jego uruchomieniu pojawi się kreator instalacji oprogramowania Sigillum. Wskazane jest wybranie w ustawieniach typu instalacji: dostosowana. Potem wskazujemy czytnik SCR3310. Instalator „poprosi” o podłączenie czytnika do portu USB i przeprowadzi nas przez instalację sterowników do czytników. W końcowej fazie pracy instalatora pojawią się monity dotyczące instalacji 17 certyfikatów (zaświadczeń certyfikacyjnych polskich urzędów certyfikacji). Należy je po kolei zatwierdzać, zgadzając się na instalację. Jest to niezbędna czynność do zbudowania prawidłowej ścieżki certyfikacji.
Przed pierwszym użyciem nowych kart kryptograficznych z certyfikatem kwalifikowanym powinniśmy aktywować kwalifikowaną strukturę (SetEID) tej karty. Uruchamiamy w tym celu program „Menedżer komponentu technicznego” wchodzący w skład pakietu CryptoCard Suite. Po zainstalowaniu wymienionego programu jego ikona znajduje się na pulpicie, a dodatkowo w panelu sterowania Windows. Klikamy przycisk „aktywuj” i nadajemy kody PIN i PUK o długościach zgodnych z załączonymi na ekranie wskazówkami.
Po aktywowaniu struktury kwalifikowanej karty kryptograficznej program CryptoCard Suite sam rejestruje w systemie operacyjnym certyfikaty obecne na karcie. Jeśli z jakichś powodów automatyczna rejestracja zawiedzie, możemy ją przeprowadzić ręcznie – uruchamiając opcję „rejestracja certyfikatu w systemie” programu „Asystent certyfikatów” z pakietu CryptoCard Suite. Zainstalowanie certyfikatu kwalifikowanego w systemie operacyjnym możemy skontrolować z poziomu Menedżera CryptoCard Suite, po przejściu do zakładki „Narzędzia” i uruchomieniu opcji „Menedżer certyfikatów”. W wyświetlonym oknie powinien znajdować się certyfikat, którego wystawcą jest Sigillum PCCE (certyfikat komercyjny) i/lub Sigillum PCCE kwalifikowany CA1 (certyfikat kwalifikowany).
Użytkownicy posiadający certyfikat komercyjny Sigillum powinni zmienić startowe kody PIN (wartość początkowa „1111”) i SO PIN (wartość początkowa „2222”) zarządzające dostępem do struktury komercyjnej karty (PKI Token). W tym celu uruchamiamy program Menedżer CryptoCard Suite, przechodzimy do zakładki „Karty elektroniczne” i klikamy pierwszą na liście strukturę PKI Token. Po skomunikowaniu się z kartą program wyświetli informacje o karcie i pasek przycisków z aktywną opcją „Zmień PIN”. Jej wybranie wywoła procedurę zmiany kodu (SO) PIN.