Zarówno do Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych jak i do Biura Rzecznika Praw Obywatelskich od wielu lat wpływają skargi dotyczące uaktualnienia danych osobowych osób, które chcą wystąpić lub wystąpiły z kościoła lub związku wyznaniowego i domagają się aktualizacji swoich danych w dokumentacji kościelnej. Problem w znaczącej większości dotyczy Kościoła katolickiego, ale nie wyłącznie.
Rzecznik przypomina, że ustawa o ochronie danych osobowych (uodo) wprowadziła wyjątek od zasady zakazu przetwarzania danych ujawniających przekonania religijne i przynależność wyznaniową, jeżeli jest to niezbędne do wykonania statutowych zadań kościołów, pod warunkiem, że przetwarzanie danych dotyczy wyłącznie członków tych organizacji albo instytucji albo osób utrzymujących z nimi stałe kontakty w związku z ich działalnością i zapewnione są pełne gwarancje ochrony przetwarzanych danych. Ustawa zwolniła także kościoły z obowiązku rejestracji zbiorów danych osób należących do kościoła lub innego związku wyznaniowego, o uregulowanej sytuacji prawnej, przetwarzanych na potrzeby tego kościoła lub związku wyznaniowego. Jednocześnie w art. 43 ust. 2 ustawy o ochronie danych osobowych wyłączono szereg, chociaż nie wszystkie uprawnienia GIODO w odniesieniu do zbiorów danych osób należących do kościoła.