Nowakowski miał zasiąść w fotelu prezesa 2 maja. Został powołany na to stanowisko przez Radę Nadzorczą 10 kwietnia, na tym samym posiedzeniu na którym odwołała ona ze stanowiska Małgorzatę Kuczewską–Łaską. Kierowała ona spółką od 30 lipca 2009 roku. Wcześniej była członkiem zarządu i dyrektorem finansowym spółki. Na stanowisku szefa największego polskiego przewoźnika zastąpiła Tomasza Moraczewskiego, obecnie prezesa spółki zarządzającej bydgoskim lotniskiem.
Robert Nowakowski zasiadał już w zarządzie Przewozów Regionalnych. Od stycznia 2008 do kwietnia 2009 zajmował stanowisko dyrektora handlowego. Przed przekazaniem spółki samorządom, kiedy była ona częścią Grupy PKP był m.in. zastępcą dyrektora w Mazowieckim Zakładzie Przewozów Regionalnych.
Z nieoficjalnych informacji wynika, że jednym z powodów rezygnacji teraz ze stanowiska prezesa Przewozów Regionalnych ma być kwestia wysokości wynagrodzenia. Spółka podlega pod przepisy ustawy kominowej.
W najbliższych dniach ma się odbyć kolejna Rada Nadzorcza.
